Publishing type：Research paper (scientific journal)  

DOI： 10.3390/microorganisms9051107

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

DOI： 10.1007/s10934-021-01094-0

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

DOI： 10.3390/antibiotics10050537

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

DOI： 10.1038/s41428-020-00413-7

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

DOI： 10.1111/lam.13425

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：生体内でタンパク質の構造解析できる in cell NMR の条件の再検討を行った。本成果は、上記科目で主題として扱う生理活性物質の構造解析に使用可能な技術の一例である。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体として約1割を担当した。

DOI： 10.1038/s41598-020-59076-2

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

DOI： 10.1093/femsyr/foaa003

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Publishing type：Research paper (scientific journal)   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
イソチオシアネート・スルフォラファンは、出芽酵母に対するエチル、プロピル、ブチル、メチルパラベンの抗真菌活性を増強させ流事を示した。この殺菌効果の増強は、細胞膜の損傷、酵母細胞からの細胞内物質の漏出によって引き起こされたと見なされた。これらの成果は、上記科目で主題として扱う生理活性物質およびその作用機構の実例である。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案の約１割を担当した。

DOI： 10.1111/lam.13230

Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：グラム陽性細菌である黄色ブドウ球菌のゲノム上に存在する細菌の生育制御システムである toxin-antitoxin system の探索、同定を行なった。TA systemは細菌のストレス応答に重要である。その結果、8つの候補遺伝子を同定し、さらに大腸菌を用いた生化学的解析の結果から4つのTA system を同定した。同定したTA systemの性質を示した。これらのtoxinは細胞の生理機能を阻害するので、上記科目で主題として扱う細菌の生育を阻害する各種生理活性物質に密接に関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得、論文の執筆など、全体の約2割を担当した。

DOI： 10.1128/AEM.00915-19

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Publishing type：Research paper (scientific journal)   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：乳酸菌に存在する typeII toxin-antitoxin systemのDinJ-YafQ のバイオインフォマティクスを用いた同定および生化学的な解析を行った。その結果、食品製造に用いられる乳酸菌から2つのDinJ-YafQ を同定し、DinJ-YafQは乳酸菌内で広く保存されていることを示した。乳酸菌のストレス応答にYafQ toxinによるRNA分解活性が関与すると考えられた。本成果は、上記科目で扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質およびタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体として約1割を担当した。

DOI： 10.1038/s41598-019-44094-6

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Authorship：Corresponding author   Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：レジオネラに見出した MazFホモログ(MazF-lp)の生化学的解析を行った。MazFはMazE-MazF toxin antitoxin systemのtoxinでRNAを配列特異的に切断する。MazF-lpもRNA分解酵素であることを証明し、AACU配列を特異的に認識することを示した。MazF-lpによるRNAの切断とストレス応答および病原性に関して議論した。本成果は上記科目で主題として扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の一例である。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得の約1割、論文の責任執筆を担当した。

DOI： 10.1159/000497146

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Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：健康なキャリア分離株の大腸菌であるSK1144が、ヒト上皮細胞株からのIL-8およびIL-6分泌を抑制することを実証した。 SK1144は、おそらくVI型分泌システムを介した翻訳を妨げることにより、上皮細胞のサイトカイン分泌を妨げると考えられた。本成果は上記科目で主題として扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。従って、本論文はこの講義内容と強く関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体の1割を担当した。

DOI： 10.1128/IAI.00683-18

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Publishing type：Research paper (scientific journal)   International / domestic magazine：International journal  

Diarrheagenicity of diffusely adherent Escherichia coli (DAEC) remains controversial. Previously, we found that motile DAEC strains isolated from diarrheal patients induced high levels of interleukin 8 (IL-8) secretion via Toll-like receptor 5 (TLR5). However, DAEC strains from healthy carriers hardly induced IL-8 secretion, irrespective of their possessing flagella. In this study, we demonstrated that SK1144, a DAEC strain from a healthy carrier, suppressed IL-8 and IL-6 secretion from human epithelial cell lines. Suppression of IL-8 in human embryonic kidney (HEK293) cells that were transformed to express TLR5 was observed not only upon inflammatory stimulation by flagellin but also in response to tumor necrosis factor alpha (TNF-α) and phorbol myristate acetate (PMA), despite the fact that the TNF-α- and PMA-induced inflammatory pathways reportedly are not TLR5 mediated. SK1144 neither decreased IL-8 transcript accumulation nor increased intracellular retention of IL-8. No suppression was observed when the bacteria were cultured in Transwell cups above the epithelial cells; however, a nonadherent bacterial mutant (lacking the afimbrial adhesin gene) still inhibited IL-8 secretion. Direct contact between the bacteria and epithelial cells was necessary, but diffuse adhesion was dispensable for the inhibitory effects. Infection in the presence of chloramphenicol did not suppress cytokine release by the epithelial cells, suggesting that suppression depended on effectors synthesized de novo Inflammatory suppression was attenuated with infection by a bacterial mutant deleted for hcp (encoding a component of a type VI secretion system). In conclusion, DAEC strains from healthy carriers impede epithelial cell cytokine secretion, possibly by interfering with translation via the type VI secretion system.

DOI： 10.1128/IAI.00683-18

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

DOI： 10.1111/lam.13083

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

生姜は古くから健康増進や治療薬としての効果が期待されている。生姜由来の微量生理活性成分デヒドロジンゲロンが、モデル薬剤である直鎖アルコール・ドデカノールと組み合わせた場合、多剤耐性薬剤排出遺伝子のうち最も主要なPDR5の発現抑制を介して、出芽酵母に対して相乗的抗真菌作用を発揮するとともに、抗菌活性が長時間持続することを明らかにした。本分子は、同じく薬剤排出抑制効果を示すアネトールとは異なり、独特の癖のある芳香がないため、食品や薬剤の補助成分としての応用性が期待される。

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Nagilactones are norditerpene dilactones isolated from the root bark of Podocarpus nagi. Although nagilactone E has been reported to show antifungal activities, its activity is weaker than that of antifungals on the market. Nagilactone E enhances the antifungal activity of phenylpropanoids such as anethole and isosafrole against nonpathogenic Saccharomyces cerevisiae and pathogenic Candida albicans. However, the detailed mechanisms underlying the antifungal activity of nagilactone E itself have not yet been elucidated. Therefore, we investigated the antifungal mechanisms of nagilactone E using S. cerevisiae. Although nagilactone E induced lethality in vegetatively growing cells, it did not affect cell viability in non-growing cells. Nagilactone E-induced morphological changes in the cells, such as inhomogeneous thickness of the glucan layer and leakage of cytoplasm. Furthermore, a dose-dependent decrease in the amount of newly synthesized (1, 3)-β-glucan was detected in the membrane fractions of the yeast incubated with nagilactone E. These results suggest that nagilactone E exhibits an antifungal activity against S. cerevisiae by depending on cell wall fragility via the inhibition of (1, 3)-β-glucan biosynthesis. Additionally, we confirmed nagilactone E-induced morphological changes of a human pathogenic fungus Aspergillus fumigatus. Therefore, nagilactone E is a potential antifungal drug candidate with fewer adverse effects.

DOI： 10.1016/j.fitote.2018.05.003

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Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
ナギ由来ナギラクトンEの殺真菌メカニズムについてモデル微生物である出芽酵母を用いて生化学的および細胞生物学的に解析した。その結果、ナギラクトンEは、細胞膜画分における細胞壁成分グルカンの生合成を抑制したことから、殺菌作用は細胞壁生合成に関わる代謝阻害によるとと考えられた。上記科目では生理活性物質およびその作用機構を扱う。本論文の内容は講義内容の実例である。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、分子生物学的手法を用いた研究立案、データ取得など総体として約1割を担当した。

DOI： 10.1016/j.fitote.2018.05.003

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

DOI： 10.1159/000497146

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Many bacteria have toxin–antitoxin (TA) systems, where toxin gene expression inhibits their own cell growth. mRNA is one of the well-known targets of the toxins in the type II toxin–antitoxin systems. Here, we examined the ribosome dependency of the endoribonuclease activity of YhaV, one of the toxins in type II TA systems, on mRNA in vitro and in vivo. A polysome profiling assay revealed that YhaV is bound to the 70S ribosomes and 50S ribosomal subunits. Moreover, we found that while YhaV cleaves ompF and lpp mRNAs in a translation-dependent manner, they did not cleave the 5′ untranslated region in primer extension experiments. From these results, we conclude that YhaV is a ribosome-dependent toxin that cleaves mRNA in a translation-dependent manner.

DOI： 10.1002/1873-3468.12705

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Authorship：Lead author   Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌のtoxin-antitoxin systemの一つである PrlF-YhaV TA system の YhaV toxin について生化学的解析を行った。その結果、YhaVは70Sおよび50Sリボソームに結合し、翻訳依存的にRNAを分解することを示した。本成果は上記科目で主題として扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の一例であり、講義内容と密接に関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得、論文の執筆など、全体の約3割を担当した。

DOI： 10.1002/1873-3468.12705

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：黄色ブドウ球菌が有する3つのtoxin-antitoxin systemを欠損させ、それらの整理機能の解析を試みた。その結果、mazEFの欠損がバイオフィルム形成量に関与するicaADBC遺伝子の転写を促進させることでバイオフィルム形成を促すことを示した。本成果は上記科目で扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質と関係するものである。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得、論文の執筆など、全体の約1割を担当した。

DOI： 10.1093/femspd/ftx026

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Toxin-antitoxin (TA) systems are composed of a toxin that inhibits an essential cellular process (e.g. DNA replication, transcription, membrane integrity) and its cognate antitoxin that neutralizes the effect of the toxin. Staphylococcus aureus harbors two types of chromosomally encoded TA systems, namely mazEF(sa) encoding a UACAU-specific mRNA interferase and two paralogous genes of yefM-yoeB(sa) encoding a ribosome-dependent endoribonuclease system. However, little is known about the physiological role of MazEF(sa) and YefM-YoeB(sa) in S. aureus. Upon characterizing the phenotypes of single, double and triple gene deletion mutants, we found that mazF(sa) deletion led to increased biofilm formation. Subsequently, transcriptional analysis revealed that expression of intercellular adhesin (ica) gene, icaADBC, increased in a mazF(sa) deletion mutant. mazF(sa)/icaADBC double gene deletion and genetic complementation approaches provided convincing evidence that increased biofilm formation was caused by an increase in polysaccharide intercellular adhesin synthesized by icaADBC-encoded proteins. Furthermore, through the use of alanine substitutions at the conserved active residues of MazF(sa), our results suggested that ica-mediated biofilm formation depended on the mRNA interferase activity of MazF(sa). These findings give new insights not only into the physiological role of MazEF(sa) in S. aureus, but also into the regulatory mechanism of ica-dependent biofilm formation.

DOI： 10.1093/femspd/ftx026

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Authorship：Corresponding author   Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌の休眠を介したストレス耐性に関与するYjjJを同定し、生化学的解析を行った。すでに報告されていたHipAとYjjJを比較した結果、両者は異なる細胞機能を阻害させることで休眠を誘導することが示唆された。本成果は上記科目で主題として扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質およびDNA複製阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得の約3割を担当し、論文の責任執筆を担当した。

DOI： 10.1093/femsle/fnx086

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Reminiscent of eukaryotic apoptotic programmed cell death, bacteria also contain a large number of suicide genes, which are in general co-expressed with their cognate antitoxin genes. These systems called the toxin-antitoxin (TA) systems are associated with cellular dormancy, and play major roles in biofilm formation and persistent multidrug resistance of many human pathogens. In recent years, the study on TA system toxins has become a hot topic due to the health implications of these toxins by virtue of their role in bacterial pathogenicity. Here we report functional characterization of a hitherto uncharacterized Escherichia coli TA toxin, YjjJ. YjjJ exhibits several uncommon properties: (i) unlike the genes encoding most type II TA system toxins, the gene encoding YjjJ is present as a single gene and not in an operon, (ii) despite being a homolog of the well-characterized toxin HipA, YjjJ seems to have different cellular target(s), and (iii) HipB, the cognate antitoxin of HipA, also acts as an antitoxin for YjjJ. This forms a basis for an interesting next step in the study of TA systems with respect to cross-regulation between various TA systems and the evolutionary as well as clinical significance of these observations.

DOI： 10.1093/femsle/fnx086

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Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：カチオン性環状ペプチドである生理活性物質ポリミキシンB（PMB）の細菌ではなく真菌細胞に対する直接的な標的としての液胞を観察し、液胞膜プロトンATPaseのサブユニットである Vma1p が PMB による液胞を標的とする殺真菌活性に関与することを示した。これらの成果は、上記科目で主題として扱う生理活性物質およびその作用機構に該当する。
本人担当部分：分子生物学的手法を用いた研究立案、データ取得など総体の約1割を担当した。

DOI： 10.1099/mic.0.000450

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Polymyxin B (PMB) is a cationic cyclic peptide that can selectively inhibit the growth of Gram-negative bacteria by disrupting the outer membrane permeability barrier through binding to lipopolysaccharide (LPS). Here, a fluorescent PMB derivative (PMB-Ds) was applied to visually confirm the vacuole as a direct lethal target of PMB against fungal cells, which lack LPS. PMB-Ds could be visualized in the normal rounded vacuolar membrane of Saccharomyces cerevisiae cells, suggesting the presence of a molecular ligand assisting the vacuole-targeting mobilization of the peptide in the organism. Vma1p, a cytoplasmic subunit constituent of the yeast vacuolar-type ATPase, was identified as one of the PMB-binding proteins by means of mass spectrometry. Mutant cells carrying a deletion of Vma1p but not those with deletions in two separate PMBbinding proteins were shown to be resistant to the vacuolar membrane disruptive action of PMB. Furthermore, the mutant cells were resistant to PMB lethality even when treated with PMB in combination with allicin, an allyl sulfur compound, which can selectively enhance the vacuole-targeting fungicidal activity of the peptide. In contrast, the parent cells were not made resistant to the vacuolar membrane disruptive action of PMB even if cells were pre-treated with bafilomycin A1, a specific inhibitor of the yeast vacuolar-type H+-ATPase. However, the parent cells were rendered more resistant to PMB consequent to Vma1p-GFP localization in the cytoplasm. These findings suggested a role for Vma1p in the vacuole-targeting fungicidal activity of PMB comparable to that of LPS in the outer membrane of Gram-negative bacteria.

DOI： 10.1099/mic.0.000450

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
トランス・アネトール（アネトール）と、他の薬剤との組み合わせで示される相乗的な抗真菌作用の作用機序を生化学的に解析した。その結果、アネトールは真菌の薬剤排出に関連する多剤耐性薬剤排出ポンプPDR5遺伝子の働きを阻害することが示された。これらの成果は、上記科目で主題として扱う生理活性物質およびその作用機構の概説に該当する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、分子生物手法を用いた研究立案、データ取得など総体の約1割を担当した。

DOI： 10.1016/j.bbagen.2016.09.010

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：真核生物に存在するタンパク質の開始から50番目までをコードするコドンの比率を解析した。その結果、いくつかのコドンお使用頻度が極端に低いことが示された。このコドンの偏りによってタンパク質の発言が制御されている可能性が示された。上記科目でタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の中で真核生物の翻訳を紹介するので、本研究は講義の内容と強く関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、論文の執筆など、全体の約1割を担当した。

DOI： 10.1007/s00439-016-1735-x

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Publishing type：Research paper (scientific journal)  

More than 31,000 protein-coding sequences (CCDS) have been identified in the human genome. Here, we analyzed codon usage in all human CCDS and found that there is a preferential usage of minor codons for Ala (CGC), Pro (CCG), Ser (UCG), and Thr (ACG) in the initial 50-codon sequences of the CCDS. These codons, with consensus XCG sequences, are most infrequently used among their synonymous codons. Thus, the tRNA concentrations per codon are considered to be highest for the minor codons for Ala, Pro, Ser and Thr in comparison with other synonymous codons for each of them to enhance the translation efficiency. This suggests that human genes are regulated at the level of translation by preferentially using minor codons within the first 50 codons of the CCDS. This hypothesis was experimentally confirmed by comparing the expression of the luciferase gene encoded by minor codons with that encoded by major codons.

DOI： 10.1007/s00439-016-1735-x

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

天然由来成分による生理活性は健康増進や治療薬としての活用が期待されている。本研究ではタデ科植物ヤナギタデ（Polygonum hydropiper）由来の辛み成分であるポリゴジアールの出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeに対する殺真菌作用のメカニズムについて生化学的および細胞生物学的に解析した。ポリゴジアールの致死作用は、細胞の酸化ストレス誘導と細胞膜障害作用のいずれにも依存せず、液胞膜破壊に起因することが示唆された。また、本活性は日和見感染性の真菌であるカンジダ・アルビカンスおよびアスペルギルス・ニガーに対しても同様に認められた。

Publishing type：Part of collection (book)  

It is fascinating that all free-living bacteria contain toxin or suicide genes on their chromosomes, which appear to play important roles in bacterial physiology involved in cell growth regulation under various growth conditions in their natural habitats. These toxins are usually coexpressed with their cognate antitoxins, which is termed as the toxin-antitoxin (TA) system. Recent research on the TA systems has revealed highly diverse cellular targets, and thereby their versatile functions and roles in bacterial physiology. Interestingly, some TA systems in bacterial pathogens may also be involved in their pathogenicity
every pathogenic bacterium contains toxin genes, and some pathogens such as Mycobacterium tuberculosis possess as many as 80 toxin genes, while its nonpathogenic close relative, M. smegmatis, contains only two (Pandey and Gerdes, 2005). It has been shown that the expression of these toxins may cause growth arrest resulting in the formation of persister cells (cellular dormancy), which allows the pathogens to survive in human tissues for prolonged times. Importantly, persister cells are resistant to many antibiotics, which may be one of the major clinical problems in treatment of pathogenic bacteria. In turn, the TA systems may be excellent targets to develop novel antibiotics, which inhibit the neutralization of toxin by antitoxin in the cells so that cell growth is hampered by the activation of toxins. Here, we introduce the general features of TA systems and recent advances in this field.

DOI： 10.1002/9781119004813.ch8

Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
イソアミルアルコール（IAA）による出芽酵母の偽菌糸誘導機序を解析した。その結果、IAA処理により、細胞質微小管とアクチン間のリンクが異常となることが示された。これらの成果は、上記科目で主題として扱う生理活性物質およびその作用機構に該当する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、分子生物学的手法を用いた研究立案、データ取得など総体の約1割を担当した。

DOI： 10.1038/srep31127

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Isoamyl alcohol (IAA) induces pseudohyphae including cell elongation in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Detailed regulation of microtubules and actin in developmental transition during cell elongation is poorly understood. Here, we show that although IAA did not affect the intracellular actin level, it reduced the levels of both alpha- and beta-tubulins. In budding yeast, cytoplasmic microtubules are linked to actin via complexes consisting of at least Kar9, Bim1, and Myo2, and reach from the spindle pole body to the cortical attachment site at the bud tip. However, IAA did not affect migration of Myo2 to the bud tip and kept Kar9 in the interior portion of the cell. In addition, bud elongation was observed in Kar9-overexpressing cells in the absence of IAA. These results indicate that impairment of the link between cytoplasmic microtubules and actin is possibly involved in the lowered interaction of Myo2 with Kar9. Our study might explain the reason for delayed cell cycle during IAA-induced cell elongation.

DOI： 10.1038/srep31127

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Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：出芽酵母のオートファジー欠損変異体が膜障害性抗真菌性抗生物質アンホテリシンB（AmB）に耐性であることを示した。また、AmBの液胞膜障害作用はオートファジー依存的であることが示唆された。これらの成果は、上記科目で主題として扱う生理活性物質およびその作用機構に該当する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、分子生物学的手法を用いた研究立案、データ取得など総体の約1割を担当した。

DOI： 10.1099/mic.0.000269

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

In this study, we demonstrated that in distilled water, a nutrient-starved condition that elicits autophagy in Saccharomyces cerevisiae, an array of autophagy-deficient mutants are resistant to the fungicidal effects of amphotericin B. In addition, we found that a dansyl-labelled derivative of the antibiotic colocalized with disintegrated vacuoles throughout the cytoplasm in the amphotericin B-sensitive parental strain suspended in distilled water. In contrast, the dansyl-labelled derivative was not internalized in the Delta atg18 strain, which is deficient in the formation of autophagosomes, a key early step in autophagy. However, the derivative accumulated without significant toxicity in structurally intact vacuoles in the Delta vma1 mutant, which is deficient in the degradation of autophagic bodies, the final stage in autophagy. Our data support the idea that amphotericin B can utilize autophagy-dependent trafficking into the intra-vacuolar lumen, where it interacts with the lumina! leaf of the membrane to cause structurally catastrophic effects.

DOI： 10.1099/mic.0.000269

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

In this study, we demonstrated that in distilled water, a nutrient-starved condition that elicits autophagy in Saccharomyces cerevisiae, an array of autophagy-deficient mutants are resistant to the fungicidal effects of amphotericin B. In addition, we found that a dansyl-labelled derivative of the antibiotic colocalized with disintegrated vacuoles throughout the cytoplasm in the amphotericin B-sensitive parental strain suspended in distilled water. In contrast, the dansyl-labelled derivative was not internalized in the Delta atg18 strain, which is deficient in the formation of autophagosomes, a key early step in autophagy. However, the derivative accumulated without significant toxicity in structurally intact vacuoles in the Delta vma1 mutant, which is deficient in the degradation of autophagic bodies, the final stage in autophagy. Our data support the idea that amphotericin B can utilize autophagy-dependent trafficking into the intra-vacuolar lumen, where it interacts with the lumina! leaf of the membrane to cause structurally catastrophic effects.

DOI： 10.1099/mic.0.000269

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

US Patent 9,243,234

Authorship：Corresponding author   Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌の新規 toxin-antitoxin systemとして YjhX-YjhQ を同定し、YjhX toxin の生化学的解析を行った。その結果、YjhXはトポイソメラーゼIを阻害的に阻害することで、複製および転写を阻害することを明らかにした。本成果は上記科目で扱うDNA複製阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得のすべてを担当し、論文の責任著者を努めた。

DOI： 10.1093/nar/gkv1197

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Almost all free-living bacteria contain toxin-antitoxin (TA) systems on their genomes and the targets of toxins are highly diverse. Here, we found a novel, previously unidentified TA system in Escherichia coli named yjhX-yjhQ. Induction of YjhX (85 amino acid residues) causes cell-growth arrest resulting in cell death, while YjhQ (181 residues) co-induction resumes cell growth. The primary cellular target of YjhX was found to be topoisomerase I (TopA), inhibiting both DNA replication and RNA synthesis. Notably, YjhX has no homology to any other toxins of the TA systems. YjhX was expressed well with an N-terminal protein S (PrS) tag in soluble forms. PrS-YjhX specifically interacts with the N-terminal region of TopA (TopA67) but not full-TopA in the absence of plasmid DNA, while PrS-YjhX binds to full-TopA in the presence of DNA. Notably, YjhX does not directly interact with DNA and RNA. YjhX inhibits only topoisomerase I but not topoisomerase III and IV in vitro. Hence, yjhX is renamed as the gene for the TopA inhibitor (thetopAI gene). TopAI is the first endogenous protein inhibitor specific for topoisomerase I.

DOI： 10.1093/nar/gkv1197

PubMed

Publishing type：Part of collection (book)  

A 22-kDa protein (P22), a direct counterpart to mammalian ornithine decarboxylase antizyme (ODC-AZ), was found in Selenomonas ruminantium, a gram-negative and anaerobic bacterium from sheep rumen. P22 does not degrade lysine/ornithine decarboxylase (LDC/ODC) but does bind to the AZ-binding region of LDC/ODC and triggers ATP-dependent proteolysis. This proteolytic system is totally compatible with the factors implicated in the AZ-mediated regulatory systems of mammalian ODC, such as mouse AZ or 26S proteasomes. Surprisingly, P22 is an L10 protein, a component of the large subunit of the bacterial ribosome. Interestingly, our research on bacterial antizyme was originally initiated from the study on the peptidoglycan of S. ruminantium, which contained covalently linked cadaverine, representing quite unusual characteristic among bacterial cell wall. In this chapter, we describe the chemical structure and biological function of the cadaverine- containing peptidoglycan of S. ruminantium, and the cellular biosynthesis of cadaverine by LDC/ODC and its P22 (=L10)-mediated regulation. In addition, we briefly refer to the phylogenetic distribution of LDC/ODC and ribosomal L10 among bacteria.

DOI： 10.1007/978-4-431-55212-3_8

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

MazF is an mRNA interferase, which cleaves mRNAs in a sequence-specific manner, resulting in cellular growth arrest. During normal growth conditions, the MazF toxin is inactivated through binding to its cognate antitoxin, MazE. How MazF specifically recognizes its mRNA target and carries out cleavage and how the formation of the MazE-MazF complex inactivates MazF remain unclear. We determined crystal structures of MazF in complex with mRNA substrate and antitoxin MazE in <i>Bacillus subtilis</i>. In this review, I present the mechanism of the sequence-specific RNA recognition of MazF and the neutralization of MazF activity by MazE antitoxin.

DOI： 10.2142/biophys.55.011

CiNii Article

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌に存在する LdrA タンパク質の機能解析を行った。その結果、LdrA は膜に局在し、プロトン勾配を崩壊させることでATP合成を阻害することが示された。ストレス条件下でのATP合成阻害がもたらす利点について議論した。この成果は上記科目で主題として扱う膜損傷を引き起こす生理活性物質の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得の約3割、論文執筆を担当した。

DOI： 10.1159/000357949

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Reminiscent of apoptotic genes in higher systems, almost all bacteria contain 'suicide' genes, which encode toxins. Toxins inhibit cell growth and may cause cell death. These are coexpressed with their cognate antitoxins from a toxin-antitoxin (TA) operon in normally growing cells. The cellular targets of toxins are diverse. The study of the TA system is important as in addition to their involvement in the normal bacterial physiology, TA systems may also play a role in bacterial pathogenicity. The long direct repeat (Ldr) family of proteins belongs to one such TA system. Here we report characterization of LdrA, the prototypical protein of the Ldr family, and show that it is highly toxic for cell growth. The data suggests that LdrA may exert toxicity by inhibiting ATP synthesis, possibly due to its localization in the cell membrane. This inhibition of energy production leads to the inhibition of biosynthetic reactions in the cell such as DNA replication, transcription and translation, and eventually cell growth. (C) 2014 S. Karger AG, Basel

DOI： 10.1159/000357949

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

MazF is an mRNA interferase, which, upon activation during stress conditions, cleaves mRNAs in a sequence-specific manner, resulting in cellular growth arrest. During normal growth conditions, the MazF toxin is inactivated through binding to its cognate antitoxin, MazE. How MazF specifically recognizes its mRNA target and carries out cleavage and how the formation of the MazE-MazF complex inactivates MazF remain unclear. We present crystal structures of MazF in complex with mRNA substrate and antitoxin MazE in Bacillus subtilis. The structure of MazF in complex with uncleavable UUdUACAUAA RNA substrate defines the molecular basis underlying the sequence-specific recognition of UACAU and the role of residues involved in the cleavage through site-specific mutational studies. The structure of the heterohexameric (MazF)(2)-(MazE)(2)-(MazF)(2) complex in Bacillus subtilis, supplemented by mutational data, demonstrates that the positioning of the C-terminal helical segment of MazE within the RNA-binding channel of the MazF dimer prevents mRNA binding and cleavage by MazF.

DOI： 10.1016/j.molcel.2013.09.006

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

MazF is an mRNA interferase that cleaves mRNAs at a specific RNA sequence. MazF from E. coli (MazF-ec) cleaves RNA at A and CA. To date, a large number of MazF homologs that cleave RNA at specific three- to seven-base sequences have been identified from bacteria to archaea. MazF-ec forms a dimer, in which the interface between the two subunits is known to be the RNA substrate-binding site. Here, we investigated the role of the two loops in MazF-ec, which are closely associated with the interface of the MazF-ec dimer. We examined whether exchanging the loop regions of MazF-ec with those from other MazF homologs, such as MazF from Myxococcus xanthus (MazF-mx) and MazF from Mycobacterium tuberculosis (MazF-mt3), affects RNA cleavage specificity. We found that exchanging loop 2 of MazF-ec with loop 2 regions from either MazF-mx or MazF-mt3 created a new cleavage sequence at (A/U)(A/U)AA and C in addition to the original cleavage site, A and CA, whereas exchanging loop 1 did not alter cleavage specificity. Intriguingly, exchange of loop 2 with 8 or 12 consecutive Gly residues also resulted in a new RNA cleavage site at (A/U)(A/U)AA and C. The present study suggests a method for expanding the RNA cleavage repertoire of mRNA interferases, which is crucial for potential use in the regulation of specific gene expression and for biotechnological applications. Proteins 2013. (c) 2012 Wiley Periodicals, Inc.

DOI： 10.1002/prot.24246

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌内で任意のタンパク質のみを生産できるSPP systemを用いて、あるタンパク質のアルギニン残基をすべてアルギニンのアナログであるカナバニンに置き換えることに成功した。この技術によって、新規のタンパク質を合成できる可能性が示された。本成果は上記科目で主題として扱うバイオポリマーの応用の実例である。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案の一部など総体の約1割を担当した。

DOI： 10.1074/jbc.M112.434969

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Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Replacement of a specific amino acid residue in a protein with nonnatural analogues is highly challenging because of their cellular toxicity. We demonstrate for the first time the replacement of all arginine (Arg) residues in a protein with canavanine (Can), a toxic Arg analogue. All Arg residues in the 5-base specific (UACAU) mRNA interferase from Bacillus subtilis (MazF-bs(arg)) were replaced with Can by using the single-protein production system in Escherichia coli. The resulting MazF-bs(can) gained a 6-base recognition sequence, UACAUA, for RNA cleavage instead of the 5-base sequence, UACAU, for MazF-bs(arg). Mass spectrometry analysis confirmed that all Arg residues were replaced with Can. The present system offers a novel approach to create new functional proteins by replacing a specific amino acid in a protein with its analogues.

DOI： 10.1074/jbc.M112.434969

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌の配列特異的 RNA 分解酵素である MazF と他の細菌の MazF の間でドメインスワッピングを行い、RNA 認識機構を考察した。その結果、MazFのドメイン２がRNA配列認識に重要であることが示された。本成果は上記科目で扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の機能解析であるため、講義内容と密接な関連がある。
本人担当部分：研究立案、データ取得の一部を担当し、総体として約1割を担当した

DOI： 10.1002/prot.24246

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：RNA を配列特異的に切断する MazF およびその活性を中和する MazEの構造解析を行った。得られた結果から、MazFのRNA認識機構およびMazEによるMazF活性の中和機構を推測した。得られた成果は上記科目で扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の機能解析であるので、本論文は講義内容と密接に関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、分子生物学的手法を用いた研究立案、データ取得、論文執筆など総体の約3割を担当した。

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

DOI： 10.1007/978-3-642-33253-1_7

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：RNA分解酵素 MazF とその活性を中和するMazEタンパク質をHCVまたはHIVが有するプロテアーゼ認識を挟んでfuseさせたタンパク質を作成した。このタンパク質はHIVまたはHCV proteaseによってMazF活性を誘導することができ、RNAウイルスの感染細胞を特異的に死滅できる可能性が示された。本成果は上記科目で扱う生理活性物質の応用の実例である。
本人担当部分：研究立案、データ取得の一部などを担当し、総体として約２割を担当した。

DOI： 10.1128/AEM.00364-12

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

The genomes of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and hepatitis C virus (HCV) consist of single-stranded RNA encoding polyproteins, which are processed to individual functional proteins by virus-encoded specific proteases. These proteases have been used as targets for drug development. Here, instead of targeting these proteases to inhibit viral infection, we utilized the protease activity to activate a toxic protein to prevent viral infection. We engineered the MazE-MazF antitoxin-toxin system of Escherichia coli to fuse a C-terminal 41-residue fragment of antitoxin MazE to the N-terminal end of toxin MazF with a linker having a specific protease cleavage site for either HIV PR (HIV-1 protease), NS3 protease (HCV protease), or factor Xa. These fusion proteins formed a stable dimer (instead of the MazF(2)-MazE(2)-MazF(2) heterohexamer in nature) to inactivate the ACA (sequence)-specific mRNA interferase activity of MazF. When the fusion proteins were incubated with the corresponding proteases, the MazE fragment was cleaved from the fusion proteins, releasing active MazF, which then acted as an ACA-specific mRNA interferase cleaving single-stranded MS2 phage RNA. The intramolecular regulation of MazF toxicity by proteases as demonstrated may provide a novel approach for preventive and therapeutic treatments of infection by HIV-1, HCV, and other single-stranded RNA viruses.

DOI： 10.1128/AEM.00364-12

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Nearly all free-living bacteria carry toxinantitoxin (TA) systems on their genomes, through which cell growth and death are regulated. Toxins target a variety of essential cellular functions, including DNA replication, translation, and cell division. Here, we identified a novel toxin, YgfX, on the Escherichia coli genome. The toxin, consisting of 135 residues, is composed of the N-terminal membrane domain, which encompasses two transmembrane segments, and the C-terminal cytoplasmic domain. Upon YgfX expression, the cells were initially elongated and then the middle portion of the cells became inflated to form a lemon shape. YgfX was found to interact with MreB and FtsZ, two essential cytoskeletal proteins in E.similar to coli. The cytoplasmic domain [YgfX(C)] was found to be responsible for the YgfX toxicity, as purified YgfX(C) was found to block the polymerization of FtsZ and MreB in vitro. YgfY, located immediately upstream of YgfX, was shown to be the cognate antitoxin; notably, YgfX is the first membrane-associating toxin in bacterial TA systems. We propose to rename the toxin and the antitoxin as CptA and CptB (for Cytoskeleton Polymerization inhibiting Toxin), respectively.

DOI： 10.1111/j.1574-6968.2012.02496.x

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Toxin-antitoxin (TA) systems are widespread among the plasmids and genomes of bacteria and archaea. This work reports the first description of a functional TA system in Streptomyces that is identical in two species routinely used in the laboratory: Streptomyces lividans and S. coelicolor. The described system belongs to the YefM/YoeB family and has a considerable similarity to Escherichia coli YefM/YoeB (about 53% identity and 73% similarity). Lethal effect of the S. lividans putative toxin (YoeBsl) was observed when expressed alone in E. coli SC36 (MG1655 Delta yefM-yoeB). However, no toxicity was obtained when co-expression of the antitoxin and toxin (YefM/YoeBsl) was carried out. The toxic effect was also observed when the yoeBsl was cloned in multicopy in the wild-type S. lividans or in a single copy in a S. lividans mutant, in which this TA system had been deleted. The S. lividans YefM/YoeBsl complex, purified from E. coli, binds with high affinity to its own promoter region but not to other three random selected promoters from Streptomyces. In vivo experiments demonstrated that the expression of yoeBsl in E. coli blocks translation initiation processing mRNA at three bases downstream of the initiation codon after 2 minutes of induction. These results indicate that the mechanism of action is identical to that of YoeB from E. coli.

DOI： 10.1371/journal.pone.0032977

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

RNA interference mediated by RNA such as antisense RNA, short interfering RNA and micro RNA is well documented to regulate specific gene expression at the level of messenger RNA. However, RNA interference mediated by proteins has not been reported. Here we identify the MazF-hw mRNA interferase from a superhalophilic archaeon that cleaves RNA at a specific seven-base sequence (UUACUCA). This sequence was found unusually abundant in the mRNAs for rhodopsin transcription activator and some membrane proteins of the archaeon, suggesting that the expression of these proteins is regulated by MazF-hw. When all of the seven-base cleavage sites in essential genes in Escherichia coli were eliminated, the cells were no longer sensitive to MazF-hw, demonstrating that specific gene expression can be regulated by a sequence-specific mRNA interferase. These findings demonstrate that mRNA interference can be mediated not only by RNA but also by proteins to effectively silence specific gene expression in cells.

DOI： 10.1038/ncomms1621

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌に新規の toxin-antitoxin 候補遺伝子を見出し生化学的解析を行った。その結果、候補遺伝子の一つである YgfX は細菌の細胞骨格タンパク質である MreB および FtsZ の重合化を阻害することで大腸菌の生育を阻害することが示された。本成果は上記科目で扱う細胞骨格損傷を引き起こす生理活性物質の実例であり、講義内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案、データ取得など、総体として約1割を担当した

DOI： 10.1111/j.1574-6968.2012.02496.x

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：放線菌において新規 toxin-antitoxin system を探索、同定し、生化学的解析を行った。その結果、3つの toxin-antitoxin systemを同定した。このうちの一つは大腸菌内でもRNAを分解したことから、放線菌内でも機能していると考えられた。この成果は、上記科目で扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質およびタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の実例である。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、分子生物学的手法を用いた研究立案、データ取得など総体として約1割を担当した。

DOI： 10.1371/journal.pone.0032977

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Authorship：Lead author   Publishing type：Research paper (scientific journal)   International / domestic magazine：International journal  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：細菌以外に存在しないと考えられていた RNA 分解酵素である MazF を古細菌に見出し、性状解析を行った。その結果、本MazFは７塩基認識cutterであり、特異的な遺伝子発現を制御できることを示した。本成果は上記科目で扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質およびタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得のすべてを担当し、論文の約8割を執筆した。

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Escherichia coli K-12 contains at least 36 toxin genes, the expression of which causes growth inhibition and eventual death. These toxins are usually co-expressed with their cognate antitoxins in operons called toxin-antitoxin (TA) modules. Under normal growth conditions, toxins and antitoxins form stable complexes. However, stress-induced proteases preferentially eliminate unstable antitoxins, releasing free toxins to inhibit various cellular functions. TA systems have important roles in the physiology of cells in their natural habitats, including functions in biofilm formation and multidrug resistance. In this Review, we describe these TA systems in light of their functions and roles in the regulation of cell growth and death.

DOI： 10.1038/nrmicro2651

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

MazF is an mRNA interferase which cleaves mRNAs at a specific sequence. Here, we show that in contrast to MazF-ec from Escherichia coli, which specifically cleaves ACA sequences, MazF-bs from Bacillus subtilis is an mRNA interferase that specifically cleaves a five-base sequence, UACAU. MazF homologues widely prevailing in Gram-positive bacteria were found to be highly homologous to MazF-bs, suggesting that they may also have similar cleavage specificity. This cleavage site is over-represented in the B. subtilis genes associated with biosynthesis of secondary metabolites, suggesting that MazF-bs may be involved in the regulation of the production of secondary metabolites. (C) 2011 Federation of European Biochemical Societies. Published by Elsevier B. V. All rights reserved.

DOI： 10.1016/j.febslet.2011.07.008

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：枯草菌の RNA 分解酵素である EndoA は UACAU 配列を特異的に認識し、分解することを示した。本 MazF は菌体内の RNA を分解し不安定化させることで宿主自身の生育を阻害することを示した。本成果は上記科目で扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案の、データ取得など総体として約3割を担当した。

DOI： 10.1016/j.febslet.2011.07.008

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Authorship：Lead author   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：細胞内の機能を阻害し生育を阻害することでストレス条件下での生存に役立つと考えられている toxin-antitoxin system について、細菌および古細菌での知見をまとめ、今後への課題を提案した。上記科目では様々な形で細胞内機能を阻害するタンパク質を含む生理活性物質を扱うので、本論文は講義内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得のすべてを担当し、論文の約7割を執筆した。

DOI： 10.1146/annurev-genet-110410-132412

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Authorship：Lead author   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：生育に必須な機能を阻害することで宿主自身の生育を停止させ、細菌のストレス条件下での生存およびプログラム細胞死に重要だと考えられているtoxin-antitoxin systemについて大腸菌における生理機能や推測されている役割に焦点を当てて紹介した。上記科目では様々な生育阻害を引き起こすタンパク質や化合物を扱うので、本論文は講義内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得のすべてを担当し、論文の約9割を執筆した。

Publishing type：Part of collection (book)  

Almost all bacteria and many archaea contain genes whose expression inhibits cell growth and may lead to cell death when overproduced, reminiscent of apoptotic genes in higher systems. The cellular targets of these toxins are quite diverse and include DNA replication, mRNA stability, protein synthesis, cell-wall biosynthesis, and ATP synthesis. These toxins are co-expressed and neutralized with their cognate antitoxins from a TA (toxin-antitoxin) operon in normally growing cells. Antitoxins are more labile than toxins and are readily degraded under stress conditions, allowing the toxins to exert their toxic effect. Presence of at least 33 TA systems in Escherichia coli and more than 60 TA systems in Mycobacterium tuberculosis suggests that the TA systems are involved not only in normal bacterial physiology but also in pathogenicity of bacteria. The elucidation of their cellular function and regulation is thus crucial for our understanding of bacterial physiology under various stress conditions.

DOI： 10.1146/annurev-genet-110410-132412

PubMed

Authorship：Lead author   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌の新規 toxin-antitoxin systemとして MqsR-YgiTを同定し、MqsR toxin の生化学的解析を行った。その結果、MqsRはGCU配列特異的にRNAを分解する酵素であることを示した。これは、配列特異的にRNAを分解する2つ目の酵素の発見であった。この成果は上記科目で扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質およびタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得を担当し、論文の約9割を担当した。

DOI： 10.1074/jbc.M109.032904

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

The mqsR gene has been shown to be positively regulated by the quorum-sensing autoinducer AI-2, which in turn activates a two-component system, the qseB-qseC operon. This operon plays an important role in biofilm formation in Escherichia coli. However, its cellular function has remained unknown. Here, we found that 1 base downstream of mqsR there is a gene, ygiT, that is co-transcribed with mqsR. Induction of mqsR caused cell growth arrest, whereas ygiT co-induction recovered cell growth. We demonstrate that MqsR (98 amino acid residues), which has no homology to the well characterized mRNA interferase MazF, is a potent inhibitor of protein synthesis that functions by degrading cellular mRNAs. In vivo and in vitro primer extension experiments showed that MqsR is an mRNA interferase specifically cleaving mRNAs at GCU. The mRNA interferase activity of purified MqsR was inhibited by purified YgiT (131 residues). MqsR forms a stable 2: 1 complex with YgiT, and the complex likely functions as a repressor for the mqsR-ygiT operon by specifically binding to two different palindromic sequences present in the 5'-untranslated region of this operon.

DOI： 10.1074/jbc.M109.032904

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌の新規 toxin-antitoxin systemとして YafN-YafOを同定し、YafO toxin の生化学的解析を行った。その結果、YafOはリボソーム依存的にRNAを切断することで、翻訳を阻害することを明らかにした。本成果は上記科目で扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案、データ取得など総体として約2割を担当した。

DOI： 10.1074/jbc.M109.036624

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：黄色ブドウ球菌の toxin-antitoxin systemホモログYefM-YoeB の YoeB toxin の生化学的解析を行った。その結果、黄色ブドウ球菌のYoeBは大腸菌の YoeBと同様に翻訳開始状態のリボソームに結合し、mRNAを切断することが示された。この成果は上記科目で扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案、データ取得の一部など総体として約1割を担当した。

DOI： 10.1128/JB.00623-09

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

YafO is a toxin encoded by the yafN-yafO antitoxin-toxin operon in the Escherichia coli genome. Our results show that YafO inhibits protein synthesis but not DNA or RNA synthesis. The in vivo [(35)S] methionine incorporation was inhibited within 5 min after YafO induction. In in vivo primer extension experiments with two different mRNAs, the specific cleavage bands appeared 11-13 bases downstream of the initiation codon, AUG, 2.5 min after the induction of YafO. An identical band was also detected in in vitro toeprinting experiments when YafO was added to the reaction mixture containing 70 S ribosomes and the same mRNAs even in the absence of tRNA(f)(Met). Notably, this band was not detected in the presence of YafO alone, indicating that YafO by itself does not have endoribonuclease activity under the conditions used. The full-length mRNAs almost completely disappeared 30 min after YafO induction in in vivo primer extension experiments, consistent with Northern blotting analysis. Over 84% of [(35)S]methionine-tRNA(f)(Met) was released from the translation initiation complex at 5.43 mu M YafO in vitro. We demonstrated that the 70 S ribosome peak significantly increased upon YafO induction, and when the 70 S ribosomes dissociated into 50 and 30 S subunits, YafO was found to be associated with 50 S subunits. These results demonstrate that YafO is a ribosome-dependent mRNA interferase inhibiting protein synthesis.

DOI： 10.1074/jbc.M109.036624

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

YoeB is a bacterial toxin encoded by the yefM-yoeB toxin-antitoxin system found in various bacterial genomes. Here, we show that Staphylococcus aureus contains two YoeB homologues, both of which function as ribosome-dependent mRNA interferases to inhibit translation initiation in a manner identical to that of YoeB-ec from Escherichia coli.

DOI： 10.1128/JB.00623-09

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：細菌に見出されたRNAを配列特異的に分解するRNA分解酵素に関して、その種類、生化学的性状、生理的役割などに関して紹介した。これら配列特異的RNA分解酵素は宿主自身のRNAを分解し、生育阻害を引き起こす。本論文の内容は上記科目で取り扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質であり、講義内容と密接な関連がある。
本人担当部分：論文執筆の約6割を担当した。

DOI： 10.1016/S0079-6603(08)00812-X

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Part of collection (book)  

Escherichia coli contains a large number of suicide or toxin genes, Whose expression leads to cell growth arrest and eventual cell death. One such toxin, MazF, is an ACA-specific endoribonuclease, termed "mRNA interferase." E. coli contains other mRNA interferases with different sequence specificities, which are considered to play important roles in growth regulation under stress conditions, and also in eliminating stress-damaged cells from a population. Recently, MazF homologues with 5-base recognition sequences have been identified, for example, those from Mycobacterium tuberculosis. These sequences are significantly underrepresented in the genes for protein families playing a role in the immunity and pathogenesis of M. tuberculosis. All mRNA interferase in Myxococcus xanthus is essential for programmed cell death during fruiting body formation. We propose that mRNA interferases play roles not only in cell growth regulation and programmed cell death, but also in regulation of specific gene expression (either positively or negatively) in bacteria.

DOI： 10.1016/S0079-6603(08)00812-X

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Selenomonas ruminantium synthesizes cadaverine and putrescine from L-lysine and L-ornithine as the essential constituents of its peptidoglycan by a constitutive lysine/ ornithine decarboxylase (LDC/ODC). S. ruminantium grew normally in the presence of the specific inhibitor for LDC/ODC, DL-alpha-difluoromethylornithine, when arginine was supplied in the medium. In this study, we discovered the presence of arginine decarboxylase (ADC), the key enzyme in agmatine pathway for putrescine synthesis, in S. ruminantium. We purified and characterized ADC and cloned its gene (adc) from S. ruminantium chromosomal DNA. ADC showed more than 60% identity with those of LDC/ODC/ADCs from Gram-positive bacteria, but no similarity to that from Gram-negative bacteria. In this study, we also cloned the aguA and aguB genes, encoding agmatine deiminase (AguA) and N-carbamoyl-putrescine amidohydrolase (AguB), both of which are involved in conversion from agmatine into putrescine. AguA and AguB were expressed in S. ruminantium. Hence, we concluded that S. ruminantium has both ornithine and agmatine pathways for the synthesis of putrescine.

DOI： 10.1271/bbb.70550

PubMed

Authorship：Lead author   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌に発見された真核生物のアンチザイム様タンパク質、P22の機能に必須な2つの領域を同定した。これらの領域は基質であるリジン脱炭酸酵素との結合に必須であることが示された。本成果は上記科目で扱うタンパク質合成を引き起こす活性物質であるプロテアーゼに機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得のすべてを担当し、論文執筆の約6割を担当した。

DOI： 10.1128/JB.01429-07

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

In Selenomonas ruminantium, a strictly anaerobic and gram-negative bacterium, the degradation of lysine/ornithine decarboxylase (LDC/ODC) by ATP-requiring protease(s) is accelerated by the binding of P22, which is a ribosomal protein of this strain. Amino acid sequence alignment of S. ruminantium P22 with the L10 ribosomal proteins of gram-positive and -negative bacteria showed that P22 has a 5-residue (KNKLD105)-N-101 segment and an 11-residue G(160)VIRNAVYVLD(170) segment, both of which are lacking in L10 in any other gram-positive and gram-negative bacteria reported. To elucidate whether the two segments are involved in P22 function, a series of mutant genes of P22 were constructed and expressed in Escherichia coli. The proteins were isolated and assayed for their function with respect to S. ruminantium LDC/ODC and mouse ODC. The results indicated that the two segments of P22 are crucial for P22 binding to both enzymes and also accelerated degradation of both decarboxylases.

DOI： 10.1128/JB.01429-07

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌の細胞壁の生育必須構成成分であるプトレシンの新規合成経路を同定した。それまではオルニチンの脱炭酸からの生合成のみだったが、アルギニンからの経路を見出した。本成果は上記科目で扱う膜損傷および細胞壁合成阻害を引き起こす活性物質の基盤となるものであり、この講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の一部など総体の約1割をを担当した。

DOI： 10.1271/bbb.70550

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

PubMed

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Authorship：Lead author   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌に真核生物のアンチザイム様タンパク質、P22を同定した。P22はアンチアイムと同様に26Sプロテアソーム活性を促進することを示した。またP22はリボソームタンパク質L10であった。本成果は上記科目で扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約7割を担当し、論文を執筆した。

DOI： 10.1074/jbc.M507545200

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

The degradation of mammalian ornithine decarboxylase (ODC) (EC 4.1.1.17) by 26 S proteasome, is accelerated by the ODC antizyme (AZ), a trigger protein involved in the specific degradation of eukaryotic ODC. In prokaryotes, AZ has not been found. Previously, we found that in Selenomonas ruminantium, a strictly anaerobic and Gram-negative bacterium, a drastic degradation of lysine decarboxylase (LDC; EC 4.1.1.18), which has decarboxylase activities toward both L-lysine and L-ornithine with similar K-m values, occurs upon entry into the stationary phase of cell growth by protease together with a protein of 22 kDa (P22). Here, we show that P22 is a direct counterpart of eukaryotic AZ by the following evidence. (i) P22 synthesis is induced by putrescine but not cadaverine. (ii) P22 enhances the degradation of both mouse ODC and S. ruminantium LDC by a 26 S proteasome. (iii) S. ruminantium LDC degradation is also enhanced by mouse AZ replacing P22 in a cell-free extract from S. ruminantium. (iv) Both P22 and mouse AZ bind to S. ruminantium LDC but not to the LDC mutated in its binding site for P22 and AZ. In this report, we also show that P22 is a ribosomal protein of S. ruminantium.

DOI： 10.1074/jbc.M507545200

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Research paper (scientific journal)  

In Selenomonas ruminantium, a strictly anaerobic, Gram-negative bacterium isolated from sheep rumen, a rapid degradation of lysine decarboxylase (LDC) occurred on entry into the stationary phase of cell growth. Here, we identified a 22-kDa protein as a stimulating factor for the degradation of LDC, which was catalyzed by ATP-dependent protease(s) in S. ruminantium. The purified 22-kDa protein preparation itself had no degradation activity towards LDC but it was required for the degradation of LDC by ATP-dependent proteases in a cell-free system. The 22-kDa protein had similar biochemical and biophysical characteristics to those of antizyme, the regulator for the degradation of mammalian ODC, which had been reported only in mammalian cells. From the sequencing data of the N-terminal 30 amino acid residues of the 22-kDa protein preparation, 22-kDa protein was found to be a new protein which was distinguished from antizyme. This is the first report of the presence of an antizyme-like regulator protein in a prokaryote. © 2002 by Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry.

DOI： 10.1271/bbb.66.1431

PubMed

Authorship：Lead author   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学演習1、機能解析生物学演習2、前期特別研究、機能解析生物学ゼミナール、機能解析生物学特別演習、後期特別研究。
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌の生育必須構成成分合成酵素であるリジン脱炭酸酵素が定常期で ATP依存性プロテアーゼで分解されることを示し、この分解は22-kDa のタンパク質によて促進されることを示した。本成果は上記科目で扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得のすべてを担当し、論文の約6割を執筆した。

DOI： 10.1271/bbb.66.1431

PubMed

Other URL： http://orcid.org/0000-0003-4663-6963

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

CiNii Article

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (trade magazine, newspaper, online media)   Kind of work：Joint Work   International / domestic magazine：Domestic journal  

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Authorship：Lead author   Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

DOI： 10.1271/nogeikagaku1924.78.48

CiNii Article

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

DOI： 10.1271/nogeikagaku1924.78.48

CiNii Article

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

J-GLOBAL

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Public lecture, seminar, tutorial, course, or other speech  

Presentation type：Symposium, workshop panel (public)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Fukuoka  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Fukuoka  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Fukuoka  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Fukuoka  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Fukuoka  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Fukuoka  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：大阪大学  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Catania, Italy  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：乳酸菌に存在する typeII toxin-antitoxin systemのDinJ-YafQ のバイオインフォマティクスを用いた同定および生化学的な解析を行った。その結果、食品製造に用いられる乳酸菌から2つのDinJ-YafQ を同定し、DinJ-YafQは乳酸菌内で広く保存されていることを示した。また、それらが乳酸菌内で機能していることを示した。本成果は、機能解析生物学特論Dで扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質およびタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体として約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論C
担当授業科目と関連する概要等：出芽酵母を用いて、梨幼果の水およびエタノール抽出成分による細胞寿命の延長効果を生化学的および遺伝学的に検討した。その結果、梨の幼果の水抽出成分およびエタノール抽出成分では、異なる成分がそれぞれに異なる機序によって出芽酵母の寿命延伸に関与している可能性が示唆された。これらの成果は、機能解析生物学特論Cで主題として扱う生理活性物質およびその作用機構に該当する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、分子生物学的手法を用いた研究立案、データ取得など総体として約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論C
担当授業科目と関連する概要等：ナギ由来のナギラクトン E とアニスオイルの主成分であるアネトールを併用した際に見られる相乗的抗真菌作用を解析した結果、併用による相乗的抗真菌作用にはアネトールによる PDR5 の発現抑制が関与する可能性が示唆された。これらの成果は、機能解析生物学特論Cで主題として扱う生理活性物質およびその作用機構に該当する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、分子生物学的手法を用いた研究立案、データ取得など総体として約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：ohtsu, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：大阪市立大学  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論C、D
担当授業科目と関連する概要等：薬剤排出ポンプの活性と細胞内Ca2+の調節の関連について生化学的および遺伝学的に解析を行った。その結果、Ca2+レベルの上昇により、排出ポンプ関連遺伝子PDR5の過剰発現が制限される可能性が示唆された。これらの成果は、機能解析生物学特論C、Dで扱う生理活性物質およびその作用機構の実例である。
本人担当部分：研究立案など、総体として約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：東京農業大学  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論C、D
担当授業科目と関連する概要等：耐性菌に現出する薬剤排出ポンプと細胞内Ca2+の関連を生化学的および細胞生物学的に解析した。遺伝子欠損株を用いた実験の結果、Ca2+レベ ルの上昇により薬剤排出ポンプの活性を抑制する可能性が示唆された。これらの成果は、機能解析生物学特論C、Dで主題として扱う生理活性物質およびその作用機構に該当する。
本人担当部分：研究立案の一部など総体として約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：東京農業大学  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論C、D
担当授業科目と関連する概要等：ポリ-γ-グルタミン酸 (PGA) の低分子量化、さらには生合成されるときに起こる高分子量化とCa2+の関わりについて醗酵学的および分析化学的に解析した。その結果、Ca2+不含の合成培地を用いて生産した PGA は、本来の粘性が確認できず、また、低分子量を示すことがわかった。これらの成果は、機能解析生物学特論C、Dで扱うバイオポリマーの生産技術に関するもので、本成果は講義内容と関連がある。
本人担当部分：研究立案の一部など、総体として約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：大阪市立大学  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論C、D
担当授業科目と関連する概要等：納豆の粘性要素の主成分ポリ-γ-グルタミン酸（PGA）をCa2 +濃度を調整した合成培地で合成させ、得られたPGAの分子量を調べた。その結果、Ca2 +によるPGAの合成への影響は見られなかった。これらの成果は、機能解析生物学特論C、Dでて扱うバイオポリマーに関連するものである。
本人担当部分：研究立案の一部など総体として約1割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Henry Ford Building, Freie Universität Berlin, Berlin, Germany  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：乳酸菌に存在する typeII toxin-antitoxin systemのDinJ-YafQ のバイオインフォマティクスを用いた同定および生化学的な解析を行った。その結果、食品製造に用いられる乳酸菌から2つのDinJ-YafQ を同定し、DinJ-YafQは乳酸菌内で広く保存されていることを示した。乳酸菌のストレス応答にYafQ toxinによるRNA分解活性が関与すると考えられた。本成果は、機能解析生物学特論Dで扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質およびタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体として約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：関西大学  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論C、D
担当授業科目と関連する概要等：ポリ-γ-グルタミン酸 (PGA)の低分子量化、さらには生合成されるときに起こる高分子量化について二価金属イオンのキレート剤を用いて二価金属イオンとの関わりについて分析した。その結果、二価金属イオンの有無がPGAの粘性および分子量に関与する可能性が示唆された。これらの成果は、機能解析生物学特論C,Dで主題の一部として扱うバイオポリマーの構造と機能の実例である。
本人担当部分：研究立案など、総体の約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：関西大学  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論C、D
担当授業科目と関連する概要等：ショウガに含まれるデヒドロジンゲロンに着目し、薬剤耐性への影響を、出芽酵母を用いて生化学的および遺伝学的に検討した。その結果、デヒドロジンゲロンは薬剤排出を抑制することで相乗的な抗真菌作用を発揮する可能性が示唆された。これらの成果は、機能解析生物学特論C、Dで扱う生理活性物質およびその作用機構の実例である。
本人担当部分：研究立案、分子生物学的な実験の一部など総体として約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Fukuoka, Japan  

Presentation type：Symposium, workshop panel (public)  

Venue：Fukuoka, Japan  

Presentation type：Symposium, workshop panel (public)  

Venue：Fukuoka, Japan  

Presentation type：Symposium, workshop panel (public)  

Venue：Fukuoka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Fukuoka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Nagoya, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Nagoya, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka city university, Osaka, Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：MqsR-YgiT TA system の YgiT antitoxin によるバイオフィルムや内部の休眠細胞形成促進機構を生化学的、遺伝学的に解析した。その結果、YgiT は大腸菌の運動性およびバイオフィルム形成を促進するが、運動性に関与するqseBCや線毛は関与しないことが示唆された。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案、データ取得などの約3割を担当し、研究統括を務めた。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka city university, Osaka Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌の休眠を介したストレス耐性に関与するYjjJを同定し、生化学的解析を行った。すでに報告されていたHipAとYjjJを比較した結果、両者は異なる細胞機能を阻害させることで休眠を誘導することが示唆された。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質およびDNA複製阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。
本人担当部分：研究立案、データ取得の約3割を担当し、研究の統括を務めた。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Tokushima, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：京都  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：健康なキャリア分離株の大腸菌であるSK1144が、ヒト上皮細胞株からのIL-8およびIL-6分泌を抑制することを実証した。 SK1144は、おそらくVI型分泌システムを介した翻訳を妨げることにより、上皮細胞のサイトカイン分泌を妨げると考えられた。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。従って、本論文はこの講義内容と強く関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体の約0.5割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：京都  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：健康なキャリア分離株の大腸菌であるSK1144が、ヒト上皮細胞株からのIL-8およびIL-6分泌を抑制することを実証した。 SK1144は、おそらくVI型分泌システムを介した翻訳を妨げることにより、上皮細胞のサイトカイン分泌を妨げると考えられた。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。従って、本論文はこの講義内容と強く関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体の約0.5割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Tsukuba, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Tsukuba, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Cleveland, OH, USA  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：黄色ブドウ球菌が有する3つのtoxin-antitoxin systemを欠損させ、それらの整理機能の解析を試みた。その結果、mazEFの欠損がバイオフィルム形成量に関与するicaADBC遺伝子の転写を促進させることでバイオフィルム形成を促すことを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質と関係するものである。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など、全体の約1割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Cleveland, OH, USA  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：黄色ブドウ球菌が有する3つのtoxin-antitoxin systemを欠損させ、それらの整理機能の解析を試みた。その結果、<i>mazEF</i>の欠損がバイオフィルム形成量に関与する<i>icaADBC</i>遺伝子の転写を促進させることでバイオフィルム形成を促すことを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質と関係するものである。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など、全体の約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka city university, Osaka Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：レジオネラに見出した MazFホモログ(MazF-lp)の生化学的解析を行った。MazFはMazE-MazF toxin antitoxin systemのtoxinでRNAを配列特異的に切断する。MazF-lpもRNA分解酵素であることを証明し、AACU配列を特異的に認識することを示した。MazF-lpによるRNAの切断とストレス応答および病原性に関して議論した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の一例である。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得の約1割、研究の統括を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka city university, Osaka Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：増殖をしない休眠状態の細菌への移行に関与するYjjJ が DNA 結合タンパク質であることを見出し、その結合配列を同定した。また、DNA結合によって引き起こされる現象を議論した。本成果は、機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案、データ取得の約1割を担当し、研究統括を務めた。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka city university, Osaka Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：増殖をしない休眠状態の細菌への移行に関与するYjjJ が DNA 結合タンパク質であることを見出し、その結合配列を同定した。また、DNA結合によって引き起こされる現象を議論した。本成果は、機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案、データ取得の約1割を担当し、研究統括を務めた。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka city university, Osaka Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：レジオネラに見出した MazFホモログ(MazF-lp)の生化学的解析を行った。MazFはMazE-MazF toxin antitoxin systemのtoxinでRNAを配列特異的に切断する。MazF-lpもRNA分解酵素であることを証明し、AACU配列を特異的に認識することを示した。MazF-lpによるRNAの切断とストレス応答および病原性に関して議論した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の一例である。
本人担当部分：研究立案のすべて、データ取得の約1割、研究の統括を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：黄色ブドウ球菌が有する3つのtoxin-antitoxin systemを欠損させ、それらの生理機能の解析を試みた。その結果、mazEFの欠損がバイオフィルム形成を促すことを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質と関係するものである。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得、論文の執筆など、全体の約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：黄色ブドウ球菌が有する3つのtoxin-antitoxin systemを欠損させ、それらの生理機能の解析を試みた。その結果、mazEFの欠損がバイオフィルム形成を促すことを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質と関係するものである。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得、論文の執筆など、全体の約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka,Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Osaka, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Osaka,Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Toyama, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Toyama, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Toyama, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Toyama, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kobe, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kobe, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：大阪国際交流センター  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：健康なキャリア分離株の大腸菌であるSK1144が、ヒト上皮細胞株からのIL-8およびIL-6分泌を抑制することを実証した。そこで 健康者由来株のIL-8抑制機構を探った結果、健康者由来株によるIL-8産生の抑制は、培養細胞への接着を必要としていないと推察された。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。従って、この成果は講義内容と強く関連する。
本人担当部分：共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体の約0.5割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：大阪国際交流センター  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：健康なキャリア分離株の大腸菌であるSK1144が、ヒト上皮細胞株からのIL-8およびIL-6分泌を抑制することを実証した。そこで 健康者由来株のIL-8抑制機構を探った結果、健康者由来株によるIL-8産生の抑制は、培養細胞への接着を必要としていないと推察された。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。従って、この成果は講義内容と強く関連する。
本人担当部分：共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体の約0.5割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Awaji Yumebutai International Conference Center, Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：健康なキャリア分離株の大腸菌であるSK1144が、ヒト上皮細胞株からのIL-8およびIL-6分泌を抑制することを実証した。 SK1144は、おそらくVI型分泌システムを介した翻訳を妨げることにより、上皮細胞のサイトカイン分泌を妨げると考えられた。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。従って、本論文はこの講義内容と強く関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体の1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Awaji Yumebutai International Conference Center, Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：健康なキャリア分離株の大腸菌であるSK1144が、ヒト上皮細胞株からのIL-8およびIL-6分泌を抑制することを実証した。 SK1144は、おそらくVI型分泌システムを介した翻訳を妨げることにより、上皮細胞のサイトカイン分泌を妨げると考えられた。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の一例である。従って、本論文はこの講義内容と強く関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など総体の1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Okayama, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Okayama, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Nara, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Nara, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：黄色ブドウ球菌が有する3つのtoxin-antitoxin systemを欠損させ、生理機能を解析した。その結果、RNAを分解する mazF toxin を含む mazEF の欠損がバイオフィルム形成を促すことを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質と関係するものである。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など、総体の約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：黄色ブドウ球菌が有する3つのtoxin-antitoxin systemを欠損させ、生理機能を解析した。その結果、RNAを分解する mazF toxin を含む <i>mazEF</i> の欠損がバイオフィルム形成を促すことを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質と関係するものである。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：本論文は共同研究であり、担当部分を厳密に抽出不可能であるが、研究立案、データ取得など、総体の約1割を担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sant Feliu de Guixols, Spain  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：細胞機能を阻害し、生育停止を引き起こす toxin-antitoxin system の生理機能を欠損株を用いて解析した。その結果、TA systemの欠損はバイオフィルム形成を促進することが示さ、バイオフィルム内の休眠細胞数を増加させることが示唆された。この成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質の 1つである TA system と関係するものである。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案、データ取得など、全体の約8割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sant Feliu de Guixols, Spain  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：細胞機能を阻害し、生育停止を引き起こす toxin-antitoxin system の生理機能を欠損株を用いて解析した。その結果、TA systemの欠損はバイオフィルム形成を促進することが示さ、バイオフィルム内の休眠細胞数を増加させることが示唆された。この成果は機能解析生物学特論Dで扱う細菌の休眠に関わる生理活性物質の 1つである TA system と関係するものである。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案、データ取得など、全体の約8割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Berline, Germany  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：MqsR-YgiT TA system を同定し、MqsR toxin がGCU配列特異的RNA分解酵素であること、古細菌の MazF toxin ホモログを同定し、 7 base cutter であることを報告した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の実例である。従って、本論文はこの講義内容と強く関連する。
本人担当部分：研究立案、データ取得のすべてを担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Berline, Germany  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：MqsR-YgiT TA system を同定し、MqsR toxin がGCU配列特異的RNA分解酵素であること、古細菌の MazF toxin ホモログを同定し、 7 base cutter であることを報告した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質の実例である。従って、本論文はこの講義内容と強く関連する。
本人担当部分：研究立案、データ取得のすべてを担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Cold Spring Harbor, U.S.A.,  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌の新規 toxin-antitoxin systemとして MqsR-YgiTを同定し、MqsR toxin の生化学的解析を行った。その結果、MqsRはGCU配列特異的にRNAを分解する酵素であることを示した。これは、配列特異的にRNAを分解する2つ目の酵素の発見であった。この成果は機能解析生物学特論Dで扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質およびタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案、データ取得のすべてを担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Cold Spring Harbor, U.S.A.,  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：大腸菌の新規 toxin-antitoxin systemとして MqsR-YgiTを同定し、MqsR toxin の生化学的解析を行った。その結果、MqsRはGCU配列特異的にRNAを分解する酵素であることを示した。これは、配列特異的にRNAを分解する2つ目の酵素の発見であった。この成果は機能解析生物学特論Dで扱うRNAの不安定性を引き起こす生理活性物質およびタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質の実例である。
本人担当部分：研究立案、データ取得のすべてを担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：San Francisco, U.S.A.,  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌に真核生物のアンチザイム様タンパク質、P22を同定した。P22はアンチアイムと同様に26Sプロテアソーム活性を促進することを示した。またP22はリボソームタンパク質L10であった。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約7割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Awaji, Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌に真核生物のアンチザイム様タンパク質、P22を同定した。P22はアンチアイムと同様に26Sプロテアソーム活性を促進することを示した。またP22はリボソームタンパク質L10であった。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約7割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：San Francisco, U.S.A.,  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌に真核生物のアンチザイム様タンパク質、P22を同定した。P22はアンチアイムと同様に26Sプロテアソーム活性を促進することを示した。またP22はリボソームタンパク質L10であった。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約7割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Chiba, Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌に真核生物のアンチザイム様タンパク質、P22を同定した。P22はアンチアイムと同様に26Sプロテアソーム活性を促進することを示した。またP22はリボソームタンパク質L10であった。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約7割を担当し、論文を執筆した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Chiba, Japan  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌に真核生物のアンチザイム様タンパク質、P22を同定した。P22はアンチアイムと同様に26Sプロテアソーム活性を促進することを示した。またP22はリボソームタンパク質L10であった。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約7割を担当し、論文を執筆した。

Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Venue：Tohoku, Japan  

Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Venue：Tohoku, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sendai, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sendai, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Hiroshima, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Hiroshima, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Hiroshima, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Hiroshima, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sapporo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sendai, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Hyogo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Hyogo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Sendai, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Tokyo, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Morioka, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Morioka, Japan  

Presentation type：Poster presentation  

Venue：New London, U.S.A.  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：グラム陰性の偏性嫌気性細菌 S. ruminantium のペプチドグリカンの必須構成成分であるカダベリンを供給するリジン脱炭酸酵素（LDC）のの分解には ATP 依存性プロテアーゼが関与することを見出した。さらにLDCと相互作用する 22-kDaのタンパク質を同定した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約7割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：New London, U.S.A.  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌の細胞壁の生育必須構成成分であるかダベリンを供給するリジン脱炭酸酵素が真核生物のオルニチン脱炭酸酵素 (ODC) と約 60% の相同性を有し、真核生物 ODC で活性中心形成に重要なアミノ酸残基もすべて一致して存在することを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う膜損傷および細胞壁合成阻害を引き起こす活性物質の基礎知識として重要であり、この講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の一部など総体の約1割をを担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：New London, U.S.A.  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌の生育必須構成成分合成酵素であるリジン脱炭酸酵素が定常期で ATP依存性プロテアーゼで分解されることを示し、この分解は22-kDa のタンパク質によて促進されることを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約8割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：New London, U.S.A.  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌の生育必須構成成分合成酵素であるリジン脱炭酸酵素が定常期で ATP依存性プロテアーゼで分解されることを示し、この分解は22-kDa のタンパク質によて促進されることを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約8割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：New London, U.S.A.  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：グラム陰性の偏性嫌気性細菌 S. ruminantium のペプチドグリカンの必須構成成分であるカダベリンを供給するリジン脱炭酸酵素（LDC）のの分解には ATP 依存性プロテアーゼが関与することを見出した。さらにLDCと相互作用する 22-kDaのタンパク質を同定した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱うタンパク質合成阻害を引き起こす生理活性物質であるプロテアーゼの機能の一例である。従って、本論文はこの講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の約7割を担当した。

Presentation type：Poster presentation  

Venue：New London, U.S.A.  

関連する大学院授業科目：機能解析生物学特論D
担当授業科目と関連する概要等：ルーメン細菌の細胞壁の生育必須構成成分であるかダベリンを供給するリジン脱炭酸酵素が真核生物のオルニチン脱炭酸酵素 (ODC) と約 60% の相同性を有し、真核生物 ODC で活性中心形成に重要なアミノ酸残基もすべて一致して存在することを示した。本成果は機能解析生物学特論Dで扱う膜損傷および細胞壁合成阻害を引き起こす活性物質の基礎知識として重要であり、この講義の内容と密接に関連する。
本人担当部分：研究立案およびデータ取得の一部など総体の約1割をを担当した。

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan  

Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Kyoto, Japan