2024/04/24 更新

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シミズ　コウヘイ
清水　康平
SHIMIZU Kouhei
担当
大学院医学研究科 基礎医科学専攻 助教
医学部 医学科
職名
助教
所属
医学研究院
ホームページ
http://osaka-cu-1seika.umin.jp/index.html

担当・職階

  • 大学院医学研究科 基礎医科学専攻 

    助教  2022年04月 - 継続中

  • 医学部 医学科 

    助教  2022年04月 - 継続中

取得学位

  • 博士（工学） （ 愛媛大学 ）

研究分野

  • ライフサイエンス / 分子生物学

  • ナノテク・材料 / ケミカルバイオロジー

  • ライフサイエンス / 腫瘍生物学

  • ライフサイエンス / 免疫学

  • ライフサイエンス / 病態医化学

研究キーワード

  • ユビキチン

  • 翻訳後修飾

  • 炎症

  • 免疫

  • タンパク質分解

  • 創薬

  • 細胞死

  • がん

研究歴

  • ユビキチン修飾系と疾患発症メカニズム

    2014 - 継続中 

所属学協会

  • 日本生化学会

      国内

  • 日本分子生物学会

      国内

受賞歴

  • 1st Prize Poster Presentation

    Kouhei Shimizu

    2023年08月   The 3rd Japan and Australia Meeting on Cell Death (JAM2023)   LUBAC and its associated ubiquitin ligase generate heterotypic ubiquitin chains to inhibit necroptosis

  • ベストプレゼンテーション賞

    清水 康平

    2023年07月   日本Cell Death学会   新規LUBAC結合E3による複合型ユビキチン鎖形成を介したネクロプトーシスの制御

  • 2021年度 Teacher of the Year

    清水 康平

    2022年03月   大阪市立大学医学部  

職務経歴（学外）

  • 東北大学   大学院歯学研究科 先端再生医学研究センター   助教

    2017年01月 - 2019年09月

  • Harvard Medical School   Department of Pathology, Beth Israel Deaconess Medical Center   日本学術振興会海外特別研究員

    2017年01月 - 2017年05月

  • Harvard Medical School   Department of Pathology, Beth Israel Deaconess Medical Center   Research Fellow

    2014年10月 - 2016年12月

  • 愛媛大学   プロテオサイエンスセンター   研究員

    2014年04月 - 2014年09月

  • 愛媛大学   プロテオサイエンスセンター   日本学術振興会特別研究員(PD)

    2013年10月 - 2014年03月

  • 愛媛大学   大学院理工学研究科   日本学術振興会特別研究員(DC1)

    2011年04月 - 2013年09月

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論文

  • Pleiotropic Roles of a KEAP1-Associated Deubiquitinase, OTUD1. 査読

    Oikawa D, Shimizu K, Tokunaga F

    Antioxidants (Basel, Switzerland)   12 ( 2 )   2023年02月（ ISSN:2076-3921 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   国際・国内誌：国際誌  

    DOI： 10.3390/antiox12020350

    PubMed

  • Involvement of heterologous ubiquitination including linear ubiquitination in Alzheimer's disease and amyotrophic lateral sclerosis. 査読

    Sato Y, Terawaki S, Oikawa D, Shimizu K, Okina Y, Ito H, Tokunaga F

    Frontiers in molecular biosciences   10   1089213 - 1089213   2023年01月（ ISSN:2296-889X ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   国際・国内誌：国際誌  

    DOI： 10.3389/fmolb.2023.1089213

    PubMed

  • OTUD1 deubiquitinase regulates NF-κB- and KEAP1-mediated inflammatory responses and reactive oxygen species-associated cell death pathways. 査読

    Oikawa D, Gi M, Kosako H, Shimizu K, Takahashi H, Shiota M, Hosomi S, Komakura K, Wanibuchi H, Tsuruta D, Sawasaki T, Tokunaga F

    Cell death & disease   13 ( 8 )   694   2022年08月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41419-022-05145-5

    PubMed

    その他URL： https://www.nature.com/articles/s41419-022-05145-5

  • Interplay between protein acetylation and ubiquitination controls MCL1 protein stability. 査読

    Shimizu K, Gi M, Suzuki S, North BJ, Watahiki A, Fukumoto S, Asara JM, Tokunaga F, Wei W, Inuzuka H

    Cell reports   37 ( 6 )   109988 - 109988   2021年11月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    The anti-apoptotic myeloid cell leukemia 1 (MCL1) protein belongs to the pro-survival BCL2 family and is frequently amplified or elevated in human cancers. MCL1 is highly unstable, with its stability being regulated by phosphorylation and ubiquitination. Here, we identify acetylation as another critical post-translational modification regulating MCL1 protein stability. We demonstrate that the lysine acetyltransferase p300 targets MCL1 at K40 for acetylation, which is counteracted by the deacetylase sirtuin 3 (SIRT3). Mechanistically, acetylation enhances MCL1 interaction with USP9X, resulting in deubiquitination and subsequent MCL1 stabilization. Therefore, ectopic expression of acetylation-mimetic MCL1 promotes apoptosis evasion of cancer cells, enhances colony formation potential, and facilitates xenografted tumor progression. We further demonstrate that elevated MCL1 acetylation sensitizes multiple cancer cells to pharmacological inhibition of USP9X. These findings reveal that acetylation of MCL1 is a critical post-translational modification enhancing its oncogenic function and provide a rationale for developing innovative therapeutic strategies for MCL1-dependent tumors.

    DOI： 10.1016/j.celrep.2021.109988

    PubMed

  • Inhibition of CK1ε potentiates the therapeutic efficacy of CDK4/6 inhibitor in breast cancer. 査読

    Dang F, Nie L, Zhou J, Shimizu K, Chu C, Wu Z, Fassl A, Ke S, Wang Y, Zhang J, Zhang T, Tu Z, Inuzuka H, Sicinski P, Bass AJ, Wei W

    Nature communications   12 ( 1 )   5386 - 5386   2021年09月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Although inhibitors targeting CDK4/6 kinases (CDK4/6i) have shown promising clinical prospect in treating ER+/HER2- breast cancers, acquired drug resistance is frequently observed and mechanistic knowledge is needed to harness their full clinical potential. Here, we report that inhibition of CDK4/6 promotes βTrCP1-mediated ubiquitination and proteasomal degradation of RB1, and facilitates SP1-mediated CDK6 transcriptional activation. Intriguingly, suppression of CK1ε not only efficiently prevents RB1 from degradation, but also prevents CDK4/6i-induced CDK6 upregulation by modulating SP1 protein stability, thereby enhancing CDK4/6i efficacy and overcoming resistance to CDK4/6i in vitro. Using xenograft and PDX models, we further demonstrate that combined inhibition of CK1ε and CDK4/6 results in marked suppression of tumor growth in vivo. Altogether, these results uncover the molecular mechanisms by which CDK4/6i treatment alters RB1 and CDK6 protein abundance, thereby driving the acquisition of CDK4/6i resistance. Importantly, we identify CK1ε as an effective target for potentiating the therapeutic efficacy of CDK4/6 inhibitors.

    DOI： 10.1038/s41467-021-25700-6

    PubMed

  • Th2 cell-derived histamine is involved in nasal Th2 infiltration in mice. 査読

    Iwasaki N, Terawaki S, Shimizu K, Oikawa D, Sakamoto H, Sunami K, Tokunaga F

    Inflammation research   70 ( 5 )   539 - 541   2021年05月（ ISSN:1023-3830 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    OBJECTIVE: Histamine derived from mast cells and basophils plays important roles in inducing allergic symptoms. Although T cells also produce histamine, the involvement of the histamine produced from T cells has remained enigmatic. We sought to reveal the roles of T helper 2 (Th2) cell-derived histamine in nasal allergic disorders. METHODS: The histamine production from Th2 cells was measured by EIA. The mRNA expression of histidine decarboxylase (HDC) was measured by real-time PCR. To investigate the roles of Th2 cell-derived histamine in vivo, we analyzed an antigen-specific Th2 cell transfer mouse model. RESULTS: Th2 cells produced histamine by T cell receptor stimulation, and these properties were specific for Th2 cells, but not Th1 cells and naïve CD4 T cells. The histamine produced from Th2 cells was involved in the infiltrations of Th2 cells in response to antigen exposure. CONCLUSION: These results suggest that Th2 cell-derived histamine play important roles in nasal allergic disorders.

    DOI： 10.1007/s00011-021-01458-x

    PubMed

  • Th2 cells and macrophages cooperatively induce allergic inflammation through histamine signaling. 査読

    Iwasaki N, Terawaki S, Shimizu K, Oikawa D, Sakamoto H, Sunami K, Tokunaga F

    PloS one   16 ( 3 )   e0248158   2021年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0248158

    PubMed

  • Phosphorylation-dependent osterix degradation negatively regulates osteoblast differentiation. 査読

    Hoshikawa S, Shimizu K, Watahiki A, Chiba M, Saito K, Wei W, Fukumoto S, Inuzuka H

    FASEB journal   34 ( 11 )   14930 - 14945   2020年11月（ ISSN:0892-6638 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1096/fj.202001340R

    PubMed

  • Lipin-2 degradation elicits a proinflammatory gene signature in macrophages. 査読

    Watahiki A, Shimizu K, Hoshikawa S, Chiba M, Kitamura H, Egusa H, Fukumoto S, Inuzuka H

    Biochemical and biophysical research communications   2020年01月（ ISSN:0006-291X ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2020.01.119

    PubMed

  • The E3 ubiquitin ligase MIB2 enhances inflammation by degrading the deubiquitinating enzyme CYLD. 査読

    Uematsu A, Kido K, Takahashi H, Takahashi C, Yanagihara Y, Saeki N, Yoshida S, Maekawa M, Honda M, Kai T, Shimizu K, Higashiyama S, Imai Y, Tokunaga F, Sawasaki T

    The Journal of biological chemistry   294 ( 38 )   14135 - 14148   2019年09月（ ISSN:0021-9258 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1074/jbc.RA119.010119

    PubMed

  • Physiological functions of FBW7 in cancer and metabolism. 査読

    Shimizu K, Nihira NT, Inuzuka H, Wei W

    Cellular signalling   46   15 - 22   2018年06月（ ISSN:0898-6568 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cellsig.2018.02.009

    PubMed

  • NOTCH2 Hajdu-Cheney Mutations Escape SCFFBW7-Dependent Proteolysis to Promote Osteoporosis. 査読

    Fukushima H, Shimizu K, Watahiki A, Hoshikawa S, Kosho T, Oba D, Sakano S, Arakaki M, Yamada A, Nagashima K, Okabe K, Fukumoto S, Jimi E, Bigas A, Nakayama KI, Nakayama K, Aoki Y, Wei W, Inuzuka H

    Molecular cell   68 ( 4 )   645 - 658.e5   2017年11月（ ISSN:1097-2765 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2017.10.018

    PubMed

  • Prostate cancer-associated SPOP mutations confer resistance to BET inhibitors through stabilization of BRD4. 査読

    Dai X, Gan W, Li X, Wang S, Zhang W, Huang L, Liu S, Zhong Q, Guo J, Zhang J, Chen T, Shimizu K, Beca F, Blattner M, Vasudevan D, Buckley DL, Qi J, Buser L, Liu P, Inuzuka H, Beck AH, Wang L, Wild PJ, Garraway LA, Rubin MA, Barbieri CE, Wong KK, Muthuswamy SK, Huang J, Chen Y, Bradner JE, Wei W

    Nature medicine   23 ( 9 )   1063 - 1071   2017年09月（ ISSN:1078-8956 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/nm.4378

    PubMed

  • G1 cyclins link proliferation, pluripotency and differentiation of embryonic stem cells. 査読

    Liu L, Michowski W, Inuzuka H, Shimizu K, Nihira NT, Chick JM, Li N, Geng Y, Meng AY, Ordureau A, Kołodziejczyk A, Ligon KL, Bronson RT, Polyak K, Harper JW, Gygi SP, Wei W, Sicinski P

    Nature cell biology   19 ( 3 )   177 - 188   2017年03月（ ISSN:1465-7392 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/ncb3474

    PubMed

  • Nutrient-induced FNIP degradation by SCFβ-TRCP regulates FLCN complex localization and promotes renal cancer progression. 査読

    Nagashima K, Fukushima H, Shimizu K, Yamada A, Hidaka M, Hasumi H, Ikebe T, Fukumoto S, Okabe K, Inuzuka H

    Oncotarget   8 ( 6 )   9947 - 9960   2017年02月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.18632/oncotarget.14221

    PubMed

  • Acetylation-dependent regulation of MDM2 E3 ligase activity dictates its oncogenic function. 査読

    Nihira NT, Ogura K, Shimizu K, North BJ, Zhang J, Gao D, Inuzuka H, Wei W

    Science signaling   10 ( 466 )   2017年02月（ ISSN:1945-0877 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1126/scisignal.aai8026

    PubMed

  • The SCFβ-TRCP E3 ubiquitin ligase complex targets Lipin1 for ubiquitination and degradation to promote hepatic lipogenesis. 査読

    Shimizu K, Fukushima H, Ogura K, Lien EC, Nihira NT, Zhang J, North BJ, Guo A, Nagashima K, Nakagawa T, Hoshikawa S, Watahiki A, Okabe K, Yamada A, Toker A, Asara JM, Fukumoto S, Nakayama KI, Nakayama K, Inuzuka H, Wei W

    Science signaling   10 ( 460 )   2017年01月（ ISSN:1945-0877 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1126/scisignal.aah4117

    PubMed

  • The apoptotic initiator caspase-8: its functional ubiquity and genetic diversity during animal evolution. 査読

    Sakamaki K, Shimizu K, Iwata H, Imai K, Satou Y, Funayama N, Nozaki M, Yajima M, Nishimura O, Higuchi M, Chiba K, Yoshimoto M, Kimura H, Gracey AY, Shimizu T, Tomii K, Gotoh O, Akasaka K, Sawasaki T, Miller DJ

    Molecular biology and evolution   31 ( 12 )   3282 - 3301   2014年12月（ ISSN:0737-4038 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/molbev/msu260

    PubMed

  • Pctaire1/Cdk16 promotes skeletal myogenesis by inducing myoblast migration and fusion. 査読

    Shimizu K, Uematsu A, Imai Y, Sawasaki T

    FEBS letters   588 ( 17 )   3030 - 3037   2014年08月（ ISSN:0014-5793 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.febslet.2014.05.060

    PubMed

  • Nek5, a novel substrate for caspase-3, promotes skeletal muscle differentiation by up-regulating caspase activity. 査読

    Shimizu K, Sawasaki T

    FEBS letters   587 ( 14 )   2219 - 2225   2013年07月（ ISSN:0014-5793 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.febslet.2013.05.049

    PubMed

  • Stress-inducible caspase substrate TRB3 promotes nuclear translocation of procaspase-3. 査読

    Shimizu K, Takahama S, Endo Y, Sawasaki T

    PloS one   7 ( 8 )   e42721   2012年

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0042721

    PubMed

  • Caspase-8 cleavage of the interleukin-21 (IL-21) receptor is a negative feedback regulator of IL-21 signaling. 査読

    Akagi T, Shimizu K, Takahama S, Iwasaki T, Sakamaki K, Endo Y, Sawasaki T

    FEBS letters   585 ( 12 )   1835 - 1840   2011年06月（ ISSN:0014-5793 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.febslet.2011.04.031

    PubMed

  • Characterization of a caspase-3-substrate kinome using an N- and C-terminally tagged protein kinase library produced by a cell-free system. 査読

    Tadokoro D, Takahama S, Shimizu K, Hayashi S, Endo Y, Sawasaki T

    Cell death & disease   1   e89   2010年10月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/cddis.2010.65

    PubMed

  • Biotinylated-sortase self-cleavage purification (BISOP) method for cell-free produced proteins. 査読

    Matsunaga S, Matsuoka K, Shimizu K, Endo Y, Sawasaki T

    BMC biotechnology   10   42   2010年06月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1186/1472-6750-10-42

    PubMed

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MISC（その他記事）

  • 新規LUBAC結合タンパク質による細胞死制御機構の解析 査読

    清水康平, GI Min, LINH Tran, 及川大輔, 小迫英尊, 高橋宏隆, 澤崎達也, 徳永文稔

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   45th   2022年

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科研費

  • 新規RING型E3によるSkp2プロテオスタシス制御の破綻と発がん機構の解明

    基盤研究（Ｃ）  2022年04月

  • 複合型ユビキチン鎖を標的とした筋萎縮性側索硬化症の病態解明と創薬シーズの開拓

    挑戦的研究（開拓・萌芽）  2022年

  • LUBACを介した生体防御応答を制御する新規ユビキチン化酵素の解析

    若手研究  2020年04月

  • 歯周組織再生を目指した効率的な抗炎症療法の開発

    基盤研究（Ｂ）  2019年04月

  • 特異的タンパク質分解を利用した幹細胞の効率的分化誘導プラットフォームの確立

    挑戦的研究（開拓・萌芽）  2018年06月

  • 歯髄感覚機能再生に着目した歯髄再生法の分子基盤の解明

    挑戦的研究（開拓・萌芽）  2018年06月

  • 腫瘍性タンパク質Skp2の量的制御を司る幹細胞腫瘍化抑制機構の包括的解析

    研究活動スタート支援  2017年08月

  • ヒトiPS化の際の染色体リプログラミングを制御するタンパク質分解経路の同定

    挑戦的研究（開拓・萌芽）  2016年04月

  • 切断プロファイリング解析によるカスパーゼ依存シグナル伝達ネットワーク機構の解明

    特別研究員奨励費  2011年

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受託研究

  • リニアユビキチンコードが制御する生体防御応答機構の解析と応用

    国立研究開発法人科学技術振興機構  戦略的創造研究推進事業（ACT-X)　加速フェーズ  2024年04月

  • リニアユビキチンコードが制御する生体防御応答機構の解析と応用

    国立研究開発法人科学技術振興機構  戦略的創造研究推進事業（ACT-X)  2021年10月

奨励寄附金・助成金

  • がんにおけるMCL1過剰発現機構の解明とその治療応用

    公益財団法人武田科学振興財団  2019年10月

  • がん遺伝子産物Skp2の分解を介した新規がん抑制機構の解明

    日本学術振興会  2017年01月

  • がん遺伝子産物Skp2の分解を介したがん抑制機構の解明

    上原記念生命科学財団  2016年01月

  • Skp2の分解を誘導する新規E3リガーゼの同定及びその分解に依存するがん抑制機構の解析

    内藤記念科学振興財団  2014年10月

その他補助金等

  • ユビキチン修飾系による細胞内抗炎症機構の解明と治療応用

    大学  2020年04月

担当授業科目

  • 遺伝医学

    2023年度   集中講義   大学

  • 医学研究推進コースII （遺伝子コース）

    2023年度   実習   大学

  • 医学研究推進コース

    2023年度   集中講義   大学

  • 細胞生物学

    2023年度   週間授業   大学

  • 修業実習

    2023年度   実習   大学

  • 遺伝と遺伝子コース

    2023年度   週間授業   大学

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その他

  • 職務経歴

    2019年10月 - 継続中

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    大阪市立大学 大学院医学研究科 分子病態学 助教