情報通信 / 生命、健康、医療情報学  / マイクロバイオーム解析

ライフサイエンス / システムゲノム科学  / バイオインフォマティクス

ライフサイエンス / ゲノム生物学  / 比較ゲノミクス

日本植物細胞分子生物学会

2007年01月 - 継続中   国内

SMBE (The Society for Molecular Biology and Evolution)

2009年01月 - 継続中   国外

日本生物工学会

2010年09月 - 継続中   国内

日本農芸化学会

2010年09月 - 2012年03月   国内

日本バイオインフォマティクス学会

2006年01月 - 2008年12月   国内

日本分子生物学会

The American Society of Plant Biologists

Society for Molecular Biology & Evolution

International Association of Wood Anatomists

American Association for the Advancement of Science

日本木材学会

日本植物生理学会

ConfeitoGUI: A toolkit for size-sensitive community detection from a correlation network 査読

Ogata Y, Mannen K, Kotani Y, Kimura N, Sakurai N, Shibata D, Suzuki H

PLoS One 雑誌   13 ( 10 )   2018年10月

Arabidopsis thaliana Subclass I ACTIN DEPOLYMERIZING FACTORs Regulate Nuclear Organization and Gene Expression 査読

Matsumoto T.

Plant and Cell Physiology   64 ( 10 )   1231 - 1242   2023年10月（ ISSN:00320781 ）

Zinc deficiency-induced defensin-like proteins are involved in the regulation of root growth in Arabidopsis.

Kimura S, Vaattovaara A, Ohshita T, Yokoyama K, Yoshida K, Hui A, Kaya H, Ozawa A, Kobayashi M, Mori IC, Ogata Y, Ishino Y, Sugano SS, Nagano M, Fukao Y

The Plant journal : for cell and molecular biology   115 ( 4 )   1071 - 1083   2023年05月（ ISSN:0960-7412 ）

Genetic Mapping of the HLA1 Locus Causing Hybrid Lethality in Nicotiana Interspecific Hybrids

Tezuka T, Kitamura N, Imagawa S, Hasegawa A, Shiragaki K, He H, Yanase M, Ogata Y, Morikawa T, Yokoi S

Plants (Basel) 雑誌   10 ( 10 )   2021年09月

Chemical genetic approach using β-rubromycin reveals that a RIO kinase-like protein is involved in morphological development in Phytophthora infestans.

Shuji Tani, Naotaka Nishio, Kenji Kai, Daisuke Hagiwara, Yoshiyuki Ogata, Motoaki Tojo, Jun-Ichi Sumitani, Howard S Judelson, Takashi Kawaguchi

Scientific reports   10 ( 1 )   22326 - 22326   2020年12月

Chemical genetic approach using β-rubromycin reveals that a RIO kinase-like protein is involved in morphological development in Phytophthora infestans 査読

Tani S, Nishio N, Kai K, Hagiwara D, Ogata Y, Tojo M, Sumitani JI, Judelson HS, Kawaguchi T

Sci Rep 雑誌   10 ( 1 )   2020年12月

An Artificial Conversion of Roots into Organs with Shoot Stem Characteristics by Inducing Two Transcription Factors 査読

Hanano S, Tomatsu H, Ohnishi A, Kobayashi K, Kondo Y, Betsuyaku S, Takita E, Ogata Y, Ozawa K, Suda K, Hosouchi T, Nagase T, Suzuki H, Sakurai N, Masumoto H, Fukuda H, Shibata D

iScience 雑誌   23 ( 7 )   2020年07月

Role of gut microbiota in sex- and diet-dependent metabolic disorders that lead to early mortality of androgen receptor-deficient male mice 査読

Harada N, Hanada K, Minami Y, Kitakaze T, Ogata Y, Tokumoto H, Sato T, Kato S, Inui H, Yamaji R

Am J Physiol Endocrinol Metab 雑誌   18 ( 4 )   2020年04月

Extracellular transglutaminase 2 induces myotube hypertrophy through G protein-coupled receptor 56 査読

Kitakaze T, Yoshikawa M, Kobayashi Y, Kimura N, Goshima N, Ishikawa T, Ogata Y, Yamashita Y, Ashida H, Harada N, Yamaji R

Biochim Biophys Acta Mol Cell Res 雑誌   1867 ( 2 )   2020年02月

Correlation between toll-like receptor 4 and nucleotide-binding oligomerization domain 2 (NOD2) and pathological severity in dogs with chronic gastrointestinal diseases 査読

Aono K, Azuma YT, Nabetani T, Hatoya S, Furuya M, Miki M, Hirota K, Fujimoto Y, Nishiyama K, Ogata Y, Mochizuki T, Tani H

Veterinary Immunology and Immunopathology 雑誌   210   2019年04月

Gene cloning, expression, and X-ray crystallographic analysis of a β-mannanase from Eisenia fetida 査読

Ueda M, Hirano Y, Fukuhara H, Naka Y, Nakazawa M, Sakamoto T, Ogata Y, Tamada T

Enzyme Microb Technol 雑誌   117   15 - 22   2018年10月

Pathway-specific metabolome analysis with 18O2-labeled Medicago truncatula via a mass spectrometry-based approach 査読

Kera K, Fine DD, Wherritt DJ, Nagashima Y, Shimada N, Ara T, Ogata Y, Sumner LW, Suzuki H

Metabolomics 雑誌   14 ( 5 )   2018年05月

オミックスデータの解析・可視化の最先端技術：ConfeitoGUIplus

尾形善之、鈴木秀幸

植物の生長調節 雑誌   52 ( 2 )   2017年12月

多変量解析に一石を投じる－ConfeitoGUIplusの開発 査読

萬年一斗、尾形善之、鈴木秀幸

生物工学会誌 雑誌   95 ( 7 )   2017年

多変量データから新規の関係性を検出する「ConfeitoGUIplus」ツールの活用

尾形善之、鈴木秀幸

バイオサイエンスとインダストリー 雑誌   75 ( 6 )   2017年

Quantitative proteomic analysis of the response to zinc, magnesium, and calcium deficiency in specific cell types of Arabidopsis roots. 査読

Fukao Y, Kobayashi M, Zargar SM, Kurata R, Fukui R, Mori IC, Ogata Y

Proteomics 雑誌   4   2016年01月

Identification of putative target genes of bZIP19, a transcription factor essential for Arabidopsis adaptation to Zn deficiency in roots. 査読

3. Inaba S, Kurata R, Kobayashi M, Yamagishi Y, Mori I, Ogata Y, Fukao Y

Plant J 雑誌   117   4 - 10   2015年10月

Multiomics in grape berry skin revealed specific induction of the stilbene synthetic pathway by ultraviolet-C irradiation. 査読

6. Suzuki M, Nakabayashi R, Ogata Y, Sakurai N, Tokimatsu T, Goto S, Suzuki M, Jasinski M, Martinola E, Otagaki S, Matsumoto S, Saito K, Shiratake K

Plant Physiol 雑誌   168   47 - 59   2015年05月

A bioinformatics approach to distinguish plant parasite and host transcriptomes in interface tissue by classifying RNA-Seq reads. 査読

4. Ikeue D, Schudoma C, Zhang W, Ogata Y, Sakamoto T, Kurata T, Furuhashi T, Kragler F, Aoki K

Plant Methods 雑誌   11   2015年05月

Quantitative proteomics of Arabidopsis shoot microsomal proteins reveals a cross-talk between excess zinc and iron deficiency. 査読

7. Zargar SM, Kurata R, Inaba S, Oikawa A, Fukui R, Ogata Y, Agrawal GK, Rakwal R, Fukao Y

Proteomics 雑誌   15   1196 - 1201   2015年04月

Potential biomarkers of fatigue identified by plasma metabolome analysis in rats. 査読

5. Kume S, Yamato M, Tamura Y, Jin G, Nakano M, Miyashige Y, Eguchi A, Ogata Y, Goda N, Iwai K, Yamano E, Watanabe Y, Soga T, Kataoka Y

PLoS One 雑誌   10   2015年03月

Correlation analysis of proteins responsive to Zn, Mn, or Fe deficiency in Arabidopsis roots based on iTRAQ analysis. 査読

8. Zargar SM, Fujiwara M, Inaba S, Kobayashi M, Kurata R, Ogata Y, Fukao Y

Plant Cell Rep 雑誌   34   157 - 166   2015年01月

Identification of laticifer-specific genes and their promoter regions from a natural rubber producing plant Hevea brasiliensis.

9. Aoki Y, Takahashi S, Takayama D, Ogata Y, Sakurai N, Suzuki H, Asawatreratanakul K, Wititsuwannakul D, Wititsuwannakul R, Shibata D, Koyama T, Nakayama T

Plant Sci 雑誌   225   1 - 8   2014年08月

Quantitative transcriptional changes associated with chlorosis severity in mosaic leaves of tobacco plants infected with Cucumber mosaic virus. 査読

12. Mochizuki T, Ogata Y, Hirata Y, Ohki ST

Mol Plant Biol 雑誌   15   242 - 254   2014年04月

Tools and databases of the KOMICS web portal for preprocessing, mining, and dissemination of metabolomics data. 査読

11. Sakurai N, Ara T, Enomoto M, Motegi T, Morishita Y, Kurabayashi A, Iijima Y, Ogata Y, Nakajima D, Suzuki H, Shibata D

Biomed Res Int 雑誌   2014   2014年04月

Cellulose digestion and metabolism induced biocatalytic transitions in anaerobic microbial ecosystems. 査読

13. Yamazawa A, Iikura T, Morioka Y, Shino A, Ogata Y, Date Y, Kikuchi J

Metabolites 雑誌   4   36 - 52   2013年12月

Defects in IRE1 enhance cell death and fail to degrade mRNAs encoding secretory pathway proteins in the Arabidopsis unfolded protein response. 査読

14. Mishiba K, Nagashima Y, Suzuki E, Hayashi N, Ogata Y, Shimada Y, Koizumi N

Proc Natl Acad Sci USA 雑誌   110   5713 - 5718   2013年04月

Functional genomics of tomato in a post-genome-sequencing phase. 査読

Aoki K, Ogata Y, Igarashi K, Yano K, Nagasaki H, Kaminuma E, Toyoda A

Breed Science 雑誌   63   14 - 20   2013年03月

Construction and analysis of EST libraries of the trans-polyisoprene producting plant, Eucommia ulmoides Oliver 査読

N. Suzuki, H. Uefuji, T. Nishikawa, Y. Mukai, A. Yamashita, M. Hattori, N. Ogasawara, T. Bamba, E.I. Fukusaki, A. Kobayashi, Y. Ogata, N. Sakurai, H. Suzuki, D. Shibata, Y. Nakazawa

Planta 雑誌   2012年06月

Development of KaPPA-View4 for omics studies on Jatropha and a database system KaPPA-Loader for construction of local omics databases 査読

N. Sakurai, Y. Ogata, T. Ara, R. Sano, N. Akimoto, A. Hiruta, H. Suzuki, M. Kajikawa, U. Widyastuti, S. Suharsono, A. Yokota, K. Akashi, J. Kikuchi, D. Shibata

Plant Biotechnol. 雑誌 Japanese Society for Plant Cell and Molecular Biology   29   131 - 135   2012年05月

Identification and characterization of ANAC042 a transcription factor family gene involved in the regulation of camalexin biosynthesis in Arabidopsis 査読

H. Saga, T. Ogawa, K. Kai, H. Suzuki, Y. Ogata, N. Sakurai, D. Shibata, D. Ohta

Mol. Plant Microbe Interact. 雑誌   25   684 - 696   2012年05月

ECOMICS: a web-based toolkit for investigating the biomolecular web in ecosystems using a trans-omics approach 査読

Y. Ogata, E. Chikayama, Y. Morioka, R.C. Everroad, A. Shino, A. Matsushima, H. Haruna, S. Moriya, T. Toyoda, J. Kikuchi

PLoS One 雑誌   7   2012年02月

Plant expressed sequence tags database: practical uses and the improvement of their searches using network module analysis 査読

Y. Ogata, H. Suzuki

Plant Biotechnol. 雑誌 Japanese Society for Plant Cell and Molecular Biology   28   351 - 360   2011年09月

ECOMICS: Ecosystem trans-OMICS tools and methodds for complex environmental samples and datasets 査読

J. Kikuchi, Y. Ogata, K. Shinozaki

J. Ecosys. Ecograph. 雑誌 OMICS Publishing Group   S2   S2 - 001   2011年08月

Analysis of expressed sequence tags in developing secondary xylem and shoot of Acacia mangium 査読

S. Suzuki, K. Suda, N. Sakurai, Y. Ogata, T. Hattori, H. Suzuki, D. Shibata, T. Umezawa

J. Wood Sci. 雑誌 The Japan Wood Research Society   57   40 - 46   2011年01月

KaPPA-View4: the metabolic pathway database for representation and analysis of correlation networks of genes expressions and metabolite accumulations and omics data 査読

N. Sakurai, T. Ara, Y. Ogata, R. Sano, T. Ono, K. Sugiyama, A. Hiruta, F. Fujii, K. Yamazaki, K. Yano, K. Aoki, A. Aharoni, K. Hamada, K. Yokoyama, S. Kawamura, H. Otsuka, T. Tokimatsu, M. Kanehisa, H. Suzuki, K. Saito, D. Shibata

Nucleic Acids Res. 雑誌 Oxford Journals   39   D677 - D684   2011年01月

CoP: a database for characterizing a group of co-expressed genes in plants 査読

Y. Ogata, H. Suzuki, N. Sakurai, D. Shibata

Bioinformatics 雑誌 Oxford Journals   26   1267 - 1268   2010年04月

Coexpression analysis of tomato genes and experimental verification of coordinated expression of genes found in a functionally enriched coexpression module 査読

S. Ozaki, Y. Ogata, K. Suda, A. Kurabayashi, T. Suzuki, N. Yamamoto, Y. Iijima, T. Tsugane, T. Fujii, C. Konishi, S. Inai, S. Bunsupa, M. Yamazaki, D. Shibata, K. Aoki

DNA Res. 雑誌 Kazusa DNA Research Institute   17   105 - 116   2010年04月

A database for poplar gene co-expression analysis for systematic understanding of biological processes, including stress tolerance 査読

Y. Ogata, H. Suzuki, D. Shibata

J. Wood Sci. 雑誌 The Japan Wood Research Society   55   395 - 400   2009年12月

A gene co-expression database for understanding biologcial processes in soybean 査読

Y. Ogata, H. Suzuki, D. Shibata

Plant Biotechnol. 雑誌 Japanese Society for Plant Cell and Molecular Biology   26   503 - 507   2009年12月

The prediction of local modular structures in a co-expression network based on gene expression datasets 査読

Y. Ogata, N. Sakurai, H. Suzuki, K. Aoki, K. Saito, D. Shibata

Genome Inform. 雑誌 Japanese Society for Bioinformatics   23   117 - 127   2009年12月

Practical network approaches and biologic interpretations of co-expression analysis in plants 査読

Y. Ogata, D. Shibata

Plant Biotechnol. 雑誌 Japanese Society for Plant Cell and Molecular Biology   26   3 - 8   2009年03月

KAGIANA: An Excel-based tool for retrieving summary information on Arabidopsis genes 査読

Y. Ogata, N. Sakurai, K. Aoki, H. Suzuki, K. Okazaki, K. Saito, D. Shibata

Plant Cell Physiol. 雑誌 The Japanese Society of Plant Physiologists   50   173 - 177   2009年01月

Characterization of the ABA-regulated global responses to dehydration in Arabidopsis by metabolomics 査読

K. Urano, K. Maruyama, Y. Ogata, Y. Morishita, M. Takeda, N. Sakurai, H. Suzuki, K. Saito, D. Shibata, M. Kobayashi, K. Yamaguchi-Shinozaki, K. Shinozaki

Plant J. 雑誌 John Wiley & Sons, Inc.   57   1065 - 1078   2009年01月

Over-expression of transcription associated factor gene co-expressed with the genes of mevalonate pathway, upstream of isoprenoid biosynthesis, in Arabidopsis cultured cells 査読

R. Sano, Y. Ogata, H. Suzuki, Y. Ogawa, T. Dansako, N. Sakurai, K. Okazaki, K. Aoki, K. Saito, D. Shibata

Plant Biotechnol. 雑誌 Japanese Society for Plant Cell and Molecular Biology   25   583 - 587   2008年12月

Metabolite annotations based on the integration of mass spectral information 査読

Y. Iijima, Y. Nakamura, Y. Ogata, K. Tanaka, N. Sakurai, K. Suda, T. Suzuki, H. Suzuki, K. Okazaki, M. Kitayama, S. Kanaya, K. Aoki, D. Shibata

Plant J. 雑誌 John Wiley & Sons, Inc.   54   949 - 962   2008年06月

Metabolic profiling of flavonoids in Lotus japonicus using liquid chromatography Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry 査読

H. Suzuki, R. Sasaki, Y. Ogata, Y. Nakamura, N. Sakurai, M. Kitajima, H. Takayama, S. Kanaya, K. Aoki, D. Shibata, K. Saito

Phytochemistry 雑誌 Elsevier Ltd.   69   99 - 111   2008年01月

Approaches for extracting practical information from gene co-expression networks in plant biology 査読

K. Aoki, Y. Ogata, D. Shibata

Plant Cell Physiol. 雑誌 The Japanese Society of Plant Physiologists   48   381 - 390   2007年03月

Introduction and virification of a novel method for measuring wood fiber length using a single cross section in Acacia mangium 査読

K. Honjo, Y. Ogata, M. Fujita

Trees 雑誌 Springer Verlag   20   356 - 362   2006年06月

Z-axis calibration in optical sectioning from xylem cross sections for grain angle measurement 査読

Y. Ogata, M. Fujita

IAWA J. 雑誌 International Association of Wood Anatomists   26   427 - 441   2005年12月

New anatomical method of grain measurement using confocal microscopy and image cross-correlation 査読

Y. Ogata, M. Fujita

Trees 雑誌 Springer Verlag   19   73 - 80   2005年01月

木部細胞形態の定量的画像処理のための環境設定（第2報）フィルムスキャナによる超広領域画像の非顕微鏡的サンプリングの試み 査読

尾形善之、門川朋樹、藤田稔

木材学会誌 雑誌 日本木材学会   48   341 - 347   2003年09月

Macroscopic and anatomical investigation of interlocked grain in Acacia mangium 査読

Y. Ogata, T. Nobuchi, M. Fujita, M.H. Sahri

IAWA J. 雑誌 International Association of Wood Anatomists   24   13 - 26   2003年03月

Asynchronous wood formation in young Acacia mangium planted in Malaysia 査読

Y. Ogata, T. Nobuchi, M. Fujita, M.H. Sahri

J. Wood Sci. 雑誌 The Japan Wood Research Society   48   89 - 94   2002年04月

Growth rings and tree growth in young para rubber trees from Peninsular Malaysia 査読

Y. Ogata, T. Nobuchi, M. Fujita

IAWA J. 雑誌 International Association of Wood Anatomists   22   43 - 56   2001年03月

An analysis of the seasonality of wood formation in cinnamon trees and eucalyptuses by knife-cutting method 査読

Y. Ogata, T. Nobuchi, M. Fujita

Bull. Kyoto Univ. For. 雑誌 Kyoto University   68   116 - 126   1996年12月

Seasonal characteristics of wood formation in Hopea odorata and Shorea henryana 査読

T. Nobuchi, Y. Ogata, S. Siripatanadilok

IAWA J. 雑誌 International Association of Wood Anatomists   16   361 - 369   1995年12月

女子大学生スポーツ選手の口腔細菌叢と生活背景に関する検討

矢澤 彩香, 古宮 綾乃, 和田 敏美, 徳本 勇人, 尾形 善之, 小川 由紀子, 神谷 重樹

日本スポーツ栄養研究誌  2020年01月  (NPO)日本スポーツ栄養学会

女子大学生スポーツ選手の口腔細菌叢と口腔ケアに関する検討

矢澤 彩香, 古宮 綾乃, 和田 敏美, 渡邊 完児, 松木 優也, 徳本 勇人, 尾形 善之, 小川 由紀子, 神谷 重樹

日本栄養・食糧学会大会講演要旨集  2019年04月  (公社)日本栄養・食糧学会

女子大学生スポーツ選手の口腔細菌叢と口腔ケアに関する検討

矢澤 彩香, 古宮 綾乃, 和田 敏美, 渡邊 完児, 松木 優也, 徳本 勇人, 尾形 善之, 小川 由紀子, 神谷 重樹

日本栄養・食糧学会大会講演要旨集  2019年04月  (公社)日本栄養・食糧学会

女子大学生スポーツ選手の口腔細菌叢と口腔ケアに関する検討

矢澤 彩香, 古宮 綾乃, 和田 敏美, 渡邊 完児, 松木 優也, 徳本 勇人, 尾形 善之, 小川 由紀子, 神谷 重樹

日本栄養・食糧学会大会講演要旨集  2019年04月  (公社)日本栄養・食糧学会

女子大学生スポーツ選手の歯周病原細菌感染状況に関する検討

矢澤 彩香, 和田 敏美, 渡邊 完児, 松木 優也, 徳本 勇人, 尾形 善之, 神谷 重樹

日本スポーツ栄養研究誌  2019年01月  (NPO)日本スポーツ栄養学会

女子大学生スポーツ選手の歯周病原細菌感染状況に関する検討

矢澤 彩香, 和田 敏美, 渡邊 完児, 松木 優也, 徳本 勇人, 尾形 善之, 神谷 重樹

日本スポーツ栄養研究誌  2019年01月  (NPO)日本スポーツ栄養学会

女子大学生スポーツ選手の歯周病原細菌感染状況に関する検討

矢澤 彩香, 和田 敏美, 渡邊 完児, 松木 優也, 徳本 勇人, 尾形 善之, 神谷 重樹

日本スポーツ栄養研究誌  2019年01月  (NPO)日本スポーツ栄養学会

応用生物科学研究実験1A

2023年度   集中講義   大学院

植物バイオサイエンス卒業研究

2023年度   集中講義   大学

初年次ゼミナール

2023年度   週間授業   大学院

応用生物科学特別研究実験2A

2023年度   集中講義   大学院

応用生物科学特別研究実験1A

2023年度   集中講義   大学院

応用生物科学特別研究実験3B

2023年度   集中講義   大学院

バイオインフォマティクス演習

2023年度   週間授業   大学

植物バイオサイエンス演習

2023年度   集中講義   大学

植物科学英語

2023年度   集中講義   大学

応用生物科学研究プレゼンテーション

2023年度   集中講義   大学院

植物バイオテクノロジー概論

2021年度    

初年次ゼミナール【バイオインフォマティクス：生物を情報で読み解く】

2021年度    

生命環境科学入門

2021年度    

バイオインフォマティクス特論

2021年度    

資源植物学特論

2021年度    

生物統計学

2021年度    

バイオテクノロジー基礎実験

2021年度   実習  

植物バイオサイエンス卒業研究

2021年度    

植物バイオサイエンス演習

2021年度    

ゲノム解析の基礎

2021年度    

植物バイオサイエンス情報処理演習

2021年度    

Biostatistics

機関名：大阪府立大学