オークリッジ国立研究所(アメリカ)　　   分子生物物理センター   博士研究員

2007年03月 - 2007年10月

日本学術振興会　   特別研究員（博士）

2004年04月 - 2005年09月

ハイデルベルク大学（ドイツ）   計算機科学センター （IWR）   博士研究員

2003年10月 - 2007年03月

横浜市立大学大学院　   総合理学研究科   博士研究員

2003年04月 - 2003年09月

京都大学   理学部   ティーチングアシスタント

1999年04月 - 2000年03月

Molecular basis of ubiquitin-specific protease 8 autoinhibition by the WW-like domain.

Kakihara K, Asamizu K, Moritsugu K, Kubo M, Kitaguchi T, Endo A, Kidera A, Ikeguchi M, Kato A, Komada M, Fukushima T

Communications biology   4 ( 1 )   1272   2021年11月

タンパク質の構造変化をどのように記述するか――生体分子におけるパスサンプリング手法の発展

松永 康佑, 森次 圭, 藤崎 弘士

日本物理学会誌   76 ( 11 )   714 - 722   2021年11月（ ISSN:00290181 ） （ eISSN:24238872 ）

Multiscale Enhanced Sampling Using Machine Learning.

Moritsugu K

Life (Basel, Switzerland)   11 ( 10 )   2021年10月

Flexibility and Cell Permeability of Cyclic Ras-Inhibitor Peptides Revealed by the Coupled Nosé-Hoover Equation.

Moritsugu K, Takeuchi K, Kamiya N, Higo J, Yasumatsu I, Fukunishi Y, Fukuda I

Journal of chemical information and modeling   61 ( 4 )   1921 - 1930   2021年04月（ ISSN:1549-9596 ）

Path Ensembles for Pin1-Catalyzed Cis-Trans Isomerization of a Substrate Calculated by Weighted Ensemble Simulations.

Moritsugu K, Yamamoto N, Yonezawa Y, Tate SI, Fujisaki H

Journal of chemical theory and computation   17 ( 4 )   2522 - 2529   2021年04月（ ISSN:1549-9618 ）

On Ergodicity for Multidimensional Harmonic Oscillator Systems with Nosé – Hoover-type Thermostat

Fukuda I.

Regular and Chaotic Dynamics   26 ( 2 )   183 - 204   2021年03月（ ISSN:15603547 ）

Analysis of multiple data sequences with different distributions: defining common principal component axes by ergodic sequence generation and multiple reweighting composition 査読

Fukuda, Ikuo and Moritsugu, Kei

IOP SciNotes   2 ( 3 )   035201 - 035201   2021年

Temperature-energy-space sampling molecular dynamics: Deterministic and single-replica method utilizing continuous temperature system

Fukuda I.

Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical   53 ( 37 )   2020年09月（ ISSN:17518113 ）

Inter-lobe Motions Allosterically Regulate the Structure and Function of EGFR Kinase.

Moritsugu K, Nishino Y, Kidera A

Journal of molecular biology   432 ( 16 )   4561 - 4575   2020年07月（ ISSN:0022-2836 ）

Allosteric response to ligand binding: Molecular dynamics study of the N-terminal domains in IP3 receptor.

Moritsugu K, Ito T, Kidera A

Biophysics and physicobiology   16   232 - 239   2019年

Dynamic recognition and linkage specificity in K63 di-ubiquitin and TAB2 NZF domain complex.

Moritsugu K, Nishi H, Inariyama K, Kobayashi M, Kidera A

Scientific reports   8 ( 1 )   16478   2018年11月

Exploring Configuration Space and Path Space of Biomolecules Using Enhanced Sampling Techniques-Searching for Mechanism and Kinetics of Biomolecular Functions.

Fujisaki H, Moritsugu K, Matsunaga Y

International journal of molecular sciences   19 ( 10 )   2018年10月

Conformational change of a biomolecule studied by the weighted ensemble method: Use of the diffusion map method to extract reaction coordinates.

Fujisaki H, Moritsugu K, Mitsutake A, Suetani H

The Journal of chemical physics   149 ( 13 )   134112   2018年10月（ ISSN:0021-9606 ）

Multiscale enhanced sampling of glucokinase: Regulation of the enzymatic reaction via a large scale domain motion.

Moritsugu K, Terada T, Kokubo H, Endo S, Tanaka T, Kidera A

The Journal of chemical physics   149 ( 7 )   072314   2018年08月（ ISSN:0021-9606 ）

Energetics and conformational pathways of functional rotation in the multidrug transporter AcrB.

Matsunaga Y, Yamane T, Terada T, Moritsugu K, Fujisaki H, Murakami S, Ikeguchi M, Kidera A

eLife   7   2018年03月

Structure of the Dnmt1 Reader Module Complexed with a Unique Two-Mono-Ubiquitin Mark on Histone H3 Reveals the Basis for DNA Methylation Maintenance.

Ishiyama S, Nishiyama A, Saeki Y, Moritsugu K, Morimoto D, Yamaguchi L, Arai N, Matsumura R, Kawakami T, Mishima Y, Hojo H, Shimamura S, Ishikawa F, Tajima S, Tanaka K, Ariyoshi M, Shirakawa M, Ikeguchi M, Kidera A, Suetake I, Arita K, Nakanishi M

Molecular cell   68 ( 2 )   350 - 360.e7   2017年10月（ ISSN:1097-2765 ）

Free-Energy Landscape of Protein-Ligand Interactions Coupled with Protein Structural Changes.

Moritsugu K, Terada T, Kidera A

The journal of physical chemistry. B   121 ( 4 )   731 - 740   2017年02月（ ISSN:1520-6106 ）

Extended string-like binding of the phosphorylated HP1α N-terminal tail to the lysine 9-methylated histone H3 tail.

Shimojo H, Kawaguchi A, Oda T, Hashiguchi N, Omori S, Moritsugu K, Kidera A, Hiragami-Hamada K, Nakayama J, Sato M, Nishimura Y

Scientific reports   6   22527   2016年03月

Coupled Nosé-Hoover equations of motion to implement a fluctuating heat-bath temperature.

Fukuda I, Moritsugu K

Physical review. E   93 ( 3 )   033306   2016年03月（ ISSN:2470-0045 ）

Multiscale enhanced sampling for protein systems: An extension via adiabatic separation 査読

Moritsugu, Kei and Terada, Tohru and Kidera, Akinori

Chemical Physics Letters   661   279 - 279   2016年

Coupled Nosé-Hoover equations of motions without time scaling 査読

Fukuda, Ikuo and Moritsugu, Kei

Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical   50 ( 1 )   015002 - 015002   2016年

Extended Phase-Space Methods for Enhanced Sampling in Molecular Simulations: A Review.

Fujisaki H, Moritsugu K, Matsunaga Y, Morishita T, Maragliano L

Frontiers in bioengineering and biotechnology   3   125   2015年

Motion Tree Delineates Hierarchical Structure of Protein Dynamics Observed in Molecular Dynamics Simulation.

Moritsugu K, Koike R, Yamada K, Kato H, Kidera A

PloS one   10 ( 7 )   e0131583   2015年

Energy landscape of all-atom protein-protein interactions revealed by multiscale enhanced sampling.

Moritsugu K, Terada T, Kidera A

PLoS computational biology   10 ( 10 )   e1003901   2014年10月（ ISSN:1553-734X ）

Solvent friction effects propagate over the entire protein molecule through low-frequency collective modes.

Moritsugu K, Kidera A, Smith JC

The journal of physical chemistry. B   118 ( 29 )   8559 - 65   2014年07月（ ISSN:1520-6106 ）

Multiscale enhanced sampling driven by multiple coarse-grained models 査読

Moritsugu, Kei and Terada, Tohru and Kidera, Akinori

Chemical Physics Letters   616   20 - 20   2014年

マルチスケール手法によるタンパク質全原子構造サンプリング 査読

森次圭

アンサンブル   16 ( 4 )   227 - 227   2014年

Multiscale enhanced path sampling based on the Onsager-Machlup action: application to a model polymer.

Fujisaki H, Shiga M, Moritsugu K, Kidera A

The Journal of chemical physics   139 ( 5 )   054117   2013年08月（ ISSN:0021-9606 ）

REACH coarse-grained simulation of a cellulose fiber.

Glass DC, Moritsugu K, Cheng X, Smith JC

Biomacromolecules   13 ( 9 )   2634 - 44   2012年09月（ ISSN:1525-7797 ）

Disorder-to-order transition of an intrinsically disordered region of sortase revealed by multiscale enhanced sampling.

Moritsugu K, Terada T, Kidera A

Journal of the American Chemical Society   134 ( 16 )   7094 - 101   2012年04月（ ISSN:0002-7863 ）

Minimum free energy path of ligand-induced transition in adenylate kinase.

Matsunaga Y, Fujisaki H, Terada T, Furuta T, Moritsugu K, Kidera A

PLoS computational biology   8 ( 6 )   e1002555   2012年（ ISSN:1553-734X ）

粗視化モデルを用いたマルチスケールシミュレーションシステムの構築 査読

森次圭

生物物理   52 ( 1 )   026 - 026   2012年

Scalable free energy calculation of proteins via multiscale essential sampling.

Moritsugu K, Terada T, Kidera A

The Journal of chemical physics   133 ( 22 )   224105   2010年12月（ ISSN:0021-9606 ）

Theory and normal-mode analysis of change in protein vibrational dynamics on ligand binding.

Moritsugu K, Njunda BM, Smith JC

The journal of physical chemistry. B   114 ( 3 )   1479 - 85   2010年01月（ ISSN:1520-6106 ）

REACH coarse-grained normal mode analysis of protein dimer interaction dynamics.

Moritsugu K, Kurkal-Siebert V, Smith JC

Biophysical journal   97 ( 4 )   1158 - 67   2009年08月（ ISSN:0006-3495 ）

REACH: A program for coarse-grained biomolecular simulation 査読

Moritsugu, Kei and Smith, Jeremy C

Computer Physics Communications   180 ( 7 )   1188 - 1188   2009年

REACH coarse-grained biomolecular simulation: transferability between different protein structural classes.

Moritsugu K, Smith JC

Biophysical journal   95 ( 4 )   1639 - 48   2008年08月（ ISSN:0006-3495 ）

Coarse-grained biomolecular simulation with REACH: realistic extension algorithm via covariance Hessian.

Moritsugu K, Smith JC

Biophysical journal   93 ( 10 )   3460 - 9   2007年11月（ ISSN:0006-3495 ）

Temperature-dependent protein dynamics: a simulation-based probabilistic diffusion-vibration Langevin description.

Moritsugu K, Smith JC

The journal of physical chemistry. B   110 ( 11 )   5807 - 16   2006年03月（ ISSN:1520-6106 ）

Langevin model of the temperature and hydration dependence of protein vibrational dynamics.

Moritsugu K, Smith JC

The journal of physical chemistry. B   109 ( 24 )   12182 - 94   2005年06月（ ISSN:1520-6106 ）

Protein motions represented in moving normal mode coordinates 査読

Moritsugu, Kei and Kidera, Akinori

The Journal of Physical Chemistry B   108 ( 12 )   3890 - 3890   2004年

Temperature dependence of vibrational energy transfer in a protein molecule 査読

Moritsugu, Kei and Miyashita, Osamu and Kidera, Akinori

The Journal of Physical Chemistry B   107 ( 14 )   3309 - 3309   2003年

Vibrational energy transfer in a protein molecule.

Moritsugu K, Miyashita O, Kidera A

Physical review letters   85 ( 18 )   3970 - 3   2000年10月（ ISSN:0031-9007 ）

Enhanced conformational sampling of cyclic peptide Cyclorasin by coupled Nosé-Hoover equation 国内会議

森次 圭

CBI学会2020年大会  2020年10月 

Motion Treeを用いた結晶構造・分子シミュレーション構造の解析 招待 国内会議

森次 圭

東京大学2020年度BINDSユニット連携講習会  2020年08月 

重み付きアンサンブル法によるPin1異性化のパスサンプリング 国内会議

森次 圭, 山本 典史, 米澤 康滋, 楯 真一, 藤崎 弘士

日本物理学会第75回年次大会  2020年03月 

Inter-lobe motion of EGFR kinase: Determinants of structural variation in the crystal structures 国内会議

木寺 詔紀, 森次 圭, 西野 圭彦

CBI学会2019年大会  2019年10月 

MSES 法によるタンパク質の網羅的構造探索 招待 国内会議

森次 圭

レア・イベントの計算科学 第2回ワークショップ  2018年12月 

Multicopy/multiscale simulations and their applications using massive computing 招待 国内会議

Kei Moritsugu

第55回生物物理学会年会  2018年09月 

Multiscale enhanced sampling of glucokinase: Regulation of the enzymatic reaction via a large scale domain motion 招待 国際会議

Kei Moritsugu

From Computational Biophysics to Systems Biology (CBSB 2018)  2018年05月 

大規模シミュレーションによるグルコキナーゼ活性化機構の解析 国内会議

森次 圭、寺田 透、木寺 詔紀

日本物理学会第73回年次大会  2018年03月 

大規模計算によるマルチコピーマルチスケールシミュレーションとその応用研究 招待 国内会議

森次 圭

第１回近畿大学生物理工学部HPCシンポジウム  2018年03月 

様々なリンケージを持つポリユビキチン鎖の全原子構造探索 国内会議

森次 圭、清水 誠教、木寺 詔紀

日本物理学会第71回年次大会  2016年03月 

Energy landscape of protein-ligand interaction revealed by multiscale enhanced sampling 招待 国際会議

Kei Moritsugu

Rare Event Sampling and Related Topics III  2015年11月 

MSES シミュレーションとその応用 招待 国内会議

森次 圭

計算統計物理学研究会第6回研究会  2015年11月 

Energy Landscape of Protein-protein and Protein-ligand Interactions Revealed by Multiscale Enhanced Sampling 招待 国際会議

Kei Moritsugu

The 4th IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems  2015年10月 

新規全原子構造探索法（MSES）とその天然変性蛋白質への適用 招待 国内会議

森次 圭、寺田 透、木寺 詔紀

第13回蛋白質科学会年会  2013年06月 

Molecular mechanism of allosteric regulation of an intrinsically disordered protein, sortase, revealed by comprehensive all-atom conformational sampling simulations 招待 国際会議

Kei Moritsugu, Tohru Terada and Akinori Kidera

Conference on Computational Physics (CCP) 2011  2011年10月 

マルチスケール・マルチコピーシミュレーション（MSES法）による天然変性タンパク質sortaseの構造サンプリング 招待 国内会議

森次 圭、木寺 詔紀

日本物理学会2011年秋季大会  2011年09月 

Multiscale enhanced sampling simulation for protein-protein interaction 国内会議

Kei Moritsugu, Tohru Terada and Akinori Kidera

日本生物物理学会第49回年会  2011年09月 

MSESシミュレーションによるSortase A 不規則領域の構造空間探索 国内会議

森次 圭

次世代生命体統合PJ　分子スケール研究会　2010前期  2010年08月 

MM-CGシミュレーション 招待 国内会議

森次 圭、木寺 詔紀

生研セミナー：「ペタフロップスコンピューティングに向けた生体高分子シミュレーションの最前線」  2009年08月 

Coarse graining methodology for the multiscale simulation of complex biological systems 招待 国際会議

Kei Moritsugu

Young Investigators Symposium on High Performance Computing  2008年10月 

Langevin Model of Protein Dynamics 招待 国際会議

Kei Moritsugu and Jeremy C. Smith

Workshop on Computer Simulations of Soft Matter and Biosystems  2007年03月 

Temperature Dependent Protein Dynamics: A Simulation-Based Probabilistic Diffusion-Vibration Langevin Description 国際会議

Kei Moritsugu and Jeremy C. Smith

EMBIO meeting Vienna  2006年05月 

Langevin Model of Protein Dynamics 国際会議

Kei Moritsugu and Jeremy C. Smith

Methods of Molecular Simulations 2005  2005年07月 

Langevin Model of Protein Dynamics 国際会議

Kei Moritsugu and Jeremy C. Smith

Computer Simulation and Theory of Macromolecules 2005  2005年04月 

動的な座標系として表現される蛋白質のダイナミクス 招待 国内会議

森次 圭、木寺 詔紀

生理学研究所研究会｢生体分子のダイナミクス及びプリオン機構｣  2003年03月 

動的な座標系として表現される蛋白質のダイナミクス 国内会議

森次　圭、木寺　詔紀

日本生物物理学会第40回年会  2002年11月 

蛋白質分子内の振動エネルギー移動―低振動モードへの拡張 国内会議

森次　圭、宮下　治、木寺　詔紀

日本生物物理学会第38回年会  2000年09月 

ミオグロビンの振動エネルギー緩和の分子動力学シミュレーション 国内会議

森次　圭、宮下　治、木寺　詔紀

第13回分子シミュレーション討論会  1999年12月 

環境パラメタを分割変数型にした動力学と環境情報入力を最適化した分子相互作用計 算

基盤研究(C)  2023年04月

計算手法を駆使しアクチン構造変化が関わるフィラメント形成の不可逆性を明らかにする

基盤研究(C)  2023年04月

高次元生命ダイナミクス時系列の機械学習による低次元系への縮約と制御への応用

基盤研究(C)  2022年04月

深層パラメタ変動ダイナミクスと電荷分布依存ポテンシャル関数を用いた分子動力学法

基盤研究(C)  2020年04月

タンパク質ダイナミクスの非マルコフ性: 状態遷移の履歴に関わる構造起源を探る

基盤研究(C)  2020年04月

一般化カットオフ法と合成系密度力学による多様な分子動力学 シミュレーションの実現

基盤研究(C)  2017年04月

酵素反応のボトルネックを探る：反応経路サンプリングによる 計算と実験による検証

基盤研究(C)  2017年04月

全原子構造探索によるリガンド結合過程の解析

若手研究(B)  2015年04月

全原子構造探索によるタンパク質相互作用過程の解析

若手研究(B)  2013年04月

生物化学特別研究2A

2024年度   集中講義   大学院

生物化学特別研究1A

2024年度   集中講義   大学院

生物化学特別演習2A

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生物化学特別演習1A

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生物化学への招待

2024年度   週間授業   大学院

生物化学特別研究5A

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生物化学特別研究4A

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生物化学特別研究3A

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生物化学特別演習5A

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生物化学特別演習4A

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生物化学特別演習3A

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タンパク質化学

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生物化学基礎演習

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生物化学実験3

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生物化学実験1

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ケミカルバイオロジー概論

2024年度   週間授業   大学

生化学2

2024年度   週間授業   大学

生物化学概論

2024年度   週間授業   大学

サイエンスフロンティアB（生物化学）

2024年度   集中講義   大学院

サイエンスフロンティアA（生物化学）

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海外特別研究1

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生物化学特別研究2B

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生物化学特別研究1B

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生物化学特別演習2B

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生物化学特別演習1B

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研究企画ゼミナール1

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研究企画ゼミナール1

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海外特別研究2

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海外特別研究2

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生物化学特別研究4B

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生物化学特別研究3B

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生物化学特別演習5B

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生物化学特別演習4B

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生物化学特別演習3B

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研究企画ゼミナール2

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